castep geomopt summary

%23%20%2F%2F%2F%20script%0A%23%20requires-python%20%3D%20%22%3E%3D3.12%22%0A%23%20dependencies%20%3D%20%5B%0A%23%20%20%20%20%20%22altair%3D%3D6.0.0%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22ase%3D%3D3.27.0%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22castep-outputs%3D%3D0.2.0%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22marimo%3D%3D0.19.6%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22numpy%3D%3D2.4.1%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22pandas%3D%3D2.3.3%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22weas-widget%3D%3D0.2.6%22%2C%0A%23%20%5D%0A%23%20%2F%2F%2F%0A%0Aimport%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.19.6%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20return%20(mo%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20castep_outputs%20as%20co%0A%20%20%20%20from%20castep_outputs.parsers.md_geom_file_parser%20import%20parse_md_geom_frame%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%20%20%20%20from%20pathlib%20import%20Path%0A%20%20%20%20from%20ase%20import%20Atoms%2C%20units%0A%0A%0A%20%20%20%20def%20format_file_scrollable(content%2C%20max_height%3D%22300px%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Format%20full%20file%20content%20in%20a%20scrollable%20container%20for%20error%20display.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20html%0A%20%20%20%20%20%20%20%20escaped%20%3D%20html.escape(content)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20f'%3Cpre%20style%3D%22max-height%3A%20%7Bmax_height%7D%3B%20overflow-y%3A%20auto%3B%20background%3A%20var(--gray-2)%3B%20padding%3A%201em%3B%20border-radius%3A%206px%3B%20font-size%3A%200.85em%3B%22%3E%7Bescaped%7D%3C%2Fpre%3E'%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Atoms%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Path%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20co%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20format_file_scrollable%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20parse_md_geom_frame%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20units%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20CASTEP%20Geometry%20Optimization%20Convergence%20Dashboard%0A%0A%20%20%20%20Upload%20a%20CASTEP%20%60.geom%60%20or%20%60.castep%60%20file%20to%20visualize%20the%20convergence%20of%20a%20geometry%20optimization%20calculation.%0A%0A%20%20%20%20**Note%3A**%20%60.geom%60%20files%20are%20preferred%20as%20they%20can%20be%20used%20while%20the%20calculation%20is%20still%20running.%20The%20%60.castep%60%20file%20can%20only%20be%20used%20for%20successfully%20completed%20calculations.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20altair%20as%20alt%0A%20%20%20%20import%20tempfile%0A%20%20%20%20from%20weas_widget.base_widget%20import%20BaseWidget%0A%20%20%20%20from%20weas_widget.atoms_viewer%20import%20AtomsViewer%0A%20%20%20%20from%20weas_widget.utils%20import%20ASEAdapter%0A%20%20%20%20return%20ASEAdapter%2C%20AtomsViewer%2C%20BaseWidget%2C%20alt%2C%20tempfile%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(Atoms%2C%20Path%2C%20format_file_scrollable%2C%20np%2C%20parse_md_geom_frame%2C%20units)%3A%0A%20%20%20%20def%20geom_to_trajectory(file_path)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Parse%20.geom%20file%20into%20ASE%20Atoms%20trajectory.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Each%20Atoms%20object%20has%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20arrays%5B'forces'%5D%3A%20Forces%20on%20each%20atom%20(eV%2F%C3%85)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20info%5B'enthalpy'%5D%3A%20Enthalpy%20in%20eV%20(includes%20PV%20work%20for%20variable%20cell)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20info%5B'energy'%5D%3A%20Total%20energy%20in%20eV%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20info%5B'stress'%5D%3A%20Stress%20tensor%20as%206-element%20Voigt%20array%20(GPa)%2C%20or%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20info%5B'iteration'%5D%3A%201-based%20iteration%20number%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tuple%3A%20(trajectory%2C%20error_message)%20where%20error_message%20is%20None%20on%20success%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file_path%20%3D%20Path(file_path)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Unit%20conversions%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Ha_to_eV%20%3D%20units.Ha%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Bohr_to_Ang%20%3D%20units.Bohr%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Ha_Bohr3_to_GPa%20%3D%20units.Ha%20%2F%20units.Bohr**3%20%2F%20units.GPa%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Parse%20file%20into%20frames%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20with%20open(file_path%2C%20'r')%20as%20f%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20content%20%3D%20f.read()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22Failed%20to%20read%20.geom%20file%3A%20%7Be%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20content.strip()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20%22The%20.geom%20file%20is%20empty.%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file_preview%20%3D%20format_file_scrollable(content)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lines%20%3D%20content.split('%5Cn')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start_idx%20%3D%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20header_found%20%3D%20False%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%2C%20line%20in%20enumerate(lines)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20'END%20header'%20in%20line%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20start_idx%20%3D%20i%20%2B%202%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20header_found%20%3D%20True%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20break%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20header_found%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22Invalid%20.geom%20file%3A%20'END%20header'%20marker%20not%20found.%20Is%20this%20a%20valid%20CASTEP%20.geom%20file%3F%7Bfile_preview%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Split%20into%20frames%20by%20blank%20lines%0A%20%20%20%20%20%20%20%20data_lines%20%3D%20lines%5Bstart_idx%3A%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raw_frames%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20current_frame%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20line%20in%20data_lines%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20line.strip()%20%3D%3D%20''%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20current_frame%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raw_frames.append(current_frame)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20current_frame%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20current_frame.append(line)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20current_frame%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raw_frames.append(current_frame)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20raw_frames%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22No%20geometry%20frames%20found%20in%20.geom%20file.%20The%20file%20may%20be%20incomplete%20or%20the%20calculation%20hasn't%20produced%20any%20output%20yet.%7Bfile_preview%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Parse%20each%20frame%0A%20%20%20%20%20%20%20%20frames%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20parse_errors%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%2C%20raw_frame%20in%20enumerate(raw_frames)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20frame%20%3D%20parse_md_geom_frame(iter(raw_frame))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20frames.append(frame)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parse_errors.append(f%22Frame%20%7Bi%2B1%7D%3A%20%7Be%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20frames%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20error_detail%20%3D%20%22%3B%20%22.join(parse_errors%5B%3A3%5D)%20%20%23%20Show%20first%203%20errors%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22Failed%20to%20parse%20any%20frames%20from%20.geom%20file.%20Errors%3A%20%7Berror_detail%7D%7Bfile_preview%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Convert%20to%20Atoms%20objects%0A%20%20%20%20%20%20%20%20trajectory%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20skipped_frames%20%3D%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%2C%20frame%20in%20enumerate(frames)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lattice%20%3D%20frame.get('lattice_vectors'%2C%20%5B%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ions%20%3D%20frame.get('ions'%2C%20%7B%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(lattice)%20%3C%203%20or%20not%20ions%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20skipped_frames%20%2B%3D%201%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Cell%20and%20positions%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cell%20%3D%20np.array(lattice%5B-3%3A%5D)%20*%20Bohr_to_Ang%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Strip%20CASTEP%20species%20tags%20(e.g.%20%22H%3AMu%22%20%E2%86%92%20%22H%22)%20for%20ASE%20compatibility%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20original_labels%20%3D%20%5Bs%20for%20s%2C%20_%20in%20ions.keys()%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20symbols%20%3D%20%5Bs.split('%3A')%5B0%5D%20for%20s%20in%20original_labels%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20positions%20%3D%20np.array(%5Bion%5B'R'%5D%20for%20ion%20in%20ions.values()%5D)%20*%20Bohr_to_Ang%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms%20%3D%20Atoms(symbols%3Dsymbols%2C%20positions%3Dpositions%2C%20cell%3Dcell%2C%20pbc%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Preserve%20original%20CASTEP%20species%20labels%20(e.g.%20%22H%3AMu%22)%20as%20a%20custom%20array%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.set_array('castep_custom_species'%2C%20np.array(original_labels))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Forces%20(eV%2F%C3%85)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20forces%20%3D%20np.array(%5Bion%5B'F'%5D%20for%20ion%20in%20ions.values()%5D)%20*%20Ha_to_eV%20%2F%20Bohr_to_Ang%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.set_array('forces'%2C%20forces)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Energy%20and%20enthalpy%20from%20E%20field%3A%20%5BE_total%2C%20E_enthalpy%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20e_field%20%3D%20frame.get('E')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20e_field%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.info%5B'energy'%5D%20%3D%20e_field%5B0%5D%5B0%5D%20*%20Ha_to_eV%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.info%5B'enthalpy'%5D%20%3D%20e_field%5B0%5D%5B1%5D%20*%20Ha_to_eV%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Stress%20tensor%20(convert%20to%20Voigt%20notation%3A%20xx%2C%20yy%2C%20zz%2C%20yz%2C%20xz%2C%20xy)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stress_tensor%20%3D%20frame.get('S')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20stress_tensor%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20np.array(stress_tensor)%20*%20Ha_Bohr3_to_GPa%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.info%5B'stress'%5D%20%3D%20np.array(%5Bs%5B0%2C0%5D%2C%20s%5B1%2C1%5D%2C%20s%5B2%2C2%5D%2C%20s%5B1%2C2%5D%2C%20s%5B0%2C2%5D%2C%20s%5B0%2C1%5D%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.info%5B'iteration'%5D%20%3D%20i%20%2B%201%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20trajectory.append(atoms)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20skipped_frames%20%2B%3D%201%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20trajectory%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22No%20valid%20geometry%20iterations%20found.%20Parsed%20%7Blen(frames)%7D%20frames%20but%20all%20were%20missing%20required%20data%20(lattice%20vectors%20or%20ionic%20positions).%7Bfile_preview%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Check%20for%20minimal%20required%20data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20warnings%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20any('enthalpy'%20in%20a.info%20for%20a%20in%20trajectory)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20warnings.append(%22No%20enthalpy%20data%20found%20in%20any%20frame.%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20any('forces'%20in%20a.arrays%20for%20a%20in%20trajectory)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20warnings.append(%22No%20force%20data%20found%20in%20any%20frame.%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20warning_msg%20%3D%20%22%20%22.join(warnings)%20if%20warnings%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20trajectory%2C%20warning_msg%0A%20%20%20%20return%20(geom_to_trajectory%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(Atoms%2C%20Path%2C%20co%2C%20format_file_scrollable%2C%20np)%3A%0A%20%20%20%20def%20castep_to_trajectory(file_path)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Parse%20.castep%20file%20into%20ASE%20Atoms%20trajectory.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Each%20Atoms%20object%20has%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20arrays%5B'forces'%5D%3A%20Forces%20on%20each%20atom%20(eV%2F%C3%85)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20info%5B'enthalpy'%5D%3A%20Enthalpy%20in%20eV%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20info%5B'stress_max'%5D%3A%20Max%20stress%20(GPa)%20from%20minimisation%20data%2C%20or%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20info%5B'iteration'%5D%3A%201-based%20iteration%20number%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Note%3A%20Only%20the%20final%20run%20is%20parsed.%20If%20the%20file%20contains%20multiple%20runs%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(e.g.%2C%20continuation%2Frestarted%20calculations)%2C%20a%20warning%20is%20included.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tuple%3A%20(trajectory%2C%20error_message)%20where%20error_message%20is%20None%20on%20success%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file_path%20%3D%20Path(file_path)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20warning_msg%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Read%20file%20content%20for%20error%20previews%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20with%20open(file_path%2C%20'r')%20as%20f%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20file_content%20%3D%20f.read()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20file_preview%20%3D%20format_file_scrollable(file_content)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20file_preview%20%3D%20f%22(Could%20not%20read%20file%3A%20%7Be%7D)%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Parse%20the%20file%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parsed%20%3D%20co.parse_single(file_path)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22Failed%20to%20parse%20.castep%20file%3A%20%7Be%7D%7Bfile_preview%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20parsed%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22Failed%20to%20parse%20.castep%20file%3A%20parser%20returned%20no%20data.%7Bfile_preview%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Check%20for%20multiple%20runs%20(continuation%2Frestarted%20calculations)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20isinstance(parsed%2C%20list)%20and%20len(parsed)%20%3E%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20num_runs%20%3D%20len(parsed)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20total_iters%20%3D%20sum(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20len(entry.get('geom_opt'%2C%20%7B%7D).get('iterations'%2C%20%5B%5D))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20entry%20in%20parsed%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20warning_msg%20%3D%20f%22File%20contains%20%7Bnum_runs%7D%20separate%20runs%20(total%20~%7Btotal_iters%7D%20iterations).%20Showing%20final%20run%20only.%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20the%20last%20run%20(most%20recent%2Ffinal%20for%20continuation%20calculations)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20data%20%3D%20parsed%5B-1%5D%20if%20isinstance(parsed%2C%20list)%20and%20parsed%20else%20parsed%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20isinstance(data%2C%20dict)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22Unexpected%20data%20format%20from%20parser%3A%20expected%20dict%2C%20got%20%7Btype(data).__name__%7D%7Bfile_preview%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Check%20for%20geometry%20optimization%20data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20'geom_opt'%20not%20in%20data%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Check%20if%20this%20might%20be%20a%20different%20calculation%20type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20calc_types%20%3D%20%5Bk%20for%20k%20in%20data.keys()%20if%20k%20in%20%5B'singlepoint'%2C%20'md'%2C%20'phonon'%2C%20'ts_search'%2C%20'magres'%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20calc_types%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22This%20appears%20to%20be%20a%20%7Bcalc_types%5B0%5D%7D%20calculation%2C%20not%20a%20geometry%20optimization.%20Please%20upload%20a%20.castep%20file%20from%20a%20geometry%20optimization%20run.%7Bfile_preview%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22No%20geometry%20optimization%20data%20found%20in%20.castep%20file.%20Is%20this%20a%20geometry%20optimization%20calculation%3F%7Bfile_preview%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20'iterations'%20not%20in%20data%5B'geom_opt'%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22Geometry%20optimization%20section%20found%20but%20contains%20no%20iterations.%20The%20calculation%20may%20have%20failed%20before%20completing%20any%20steps.%7Bfile_preview%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20iterations%20%3D%20data%5B'geom_opt'%5D%5B'iterations'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20iterations%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22Geometry%20optimization%20contains%20an%20empty%20iterations%20list.%20The%20calculation%20may%20not%20have%20started%20properly.%7Bfile_preview%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20initial_cell%20%3D%20data.get('initial_cell'%2C%20%7B%7D).get('real_lattice')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20trajectory%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20prev_enthalpy%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20iteration_num%20%3D%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20skipped_no_positions%20%3D%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20skipped_no_cell%20%3D%200%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20re%0A%20%20%20%20%20%20%20%20def%20extract_element(label)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Extract%20element%20symbol%20from%20CIF-style%20label%20like%20'H%20%5BH3%5D'%20or%20'Si%5BSi1%5D'.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20match%20%3D%20re.match(r'%5E(%5BA-Z%5D%5Ba-z%5D%3F)'%2C%20label)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20match.group(1)%20if%20match%20else%20label%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20iteration%20in%20iterations%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pos_data%20%3D%20iteration.get('atoms')%20or%20iteration.get('positions')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20pos_data%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20skipped_no_positions%20%2B%3D%201%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Get%20enthalpy%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20enthalpy_data%20%3D%20iteration.get('enthalpy')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20enthalpy%20%3D%20enthalpy_data%5B0%5D%20if%20isinstance(enthalpy_data%2C%20list)%20else%20enthalpy_data%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Skip%20rejected%20LBFGS%20iterations%20(enthalpy%20unchanged)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20enthalpy%20is%20not%20None%20and%20prev_enthalpy%20is%20not%20None%20and%20enthalpy%20%3D%3D%20prev_enthalpy%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20prev_enthalpy%20%3D%20enthalpy%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20iteration_num%20%2B%3D%201%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Cell%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cell%20%3D%20iteration.get('cell'%2C%20%7B%7D).get('real_lattice'%2C%20initial_cell)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20cell%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20skipped_no_cell%20%2B%3D%201%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms%20%3D%20Atoms(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20symbols%3D%5Bextract_element(s)%20for%20s%2C%20_%20in%20pos_data%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scaled_positions%3Dlist(pos_data.values())%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cell%3Dcell%2C%20pbc%3DTrue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Forces%20-%20check%20'non_descript'%20first%2C%20then%20'symmetrised'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20forces_dict%20%3D%20iteration.get('forces'%2C%20%7B%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20forces_data%20%3D%20forces_dict.get('non_descript')%20or%20forces_dict.get('symmetrised'%2C%20%5B%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20forces_data%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20last%20block%20(final%20forces%20after%20all%20corrections%2C%20matches%20f_max%20in%20minimisation)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20force_dict%20%3D%20forces_data%5B-1%5D%20if%20forces_data%20else%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20forces%20%3D%20np.array(%5Bforce_dict.get(k%2C%20%5B0%2C0%2C0%5D)%20for%20k%20in%20pos_data%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.set_array('forces'%2C%20forces)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Enthalpy%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20enthalpy%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.info%5B'enthalpy'%5D%20%3D%20enthalpy%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Convergence%20data%20from%20minimisation%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20minimisation%20%3D%20iteration.get('minimisation'%2C%20%5B%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min_data%20%3D%20minimisation%5B-1%5D%20if%20minimisation%20else%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smax%20%3D%20min_data.get('smax'%2C%20%7B%7D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Store%20max%20stress%20value%20-%20also%20check%20stresses%20dict%20if%20smax%20not%20in%20minimisation%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20isinstance(smax%2C%20dict)%20and%20smax.get('value')%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.info%5B'stress_max'%5D%20%3D%20smax%5B'value'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Try%20to%20get%20from%20stresses%20block%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stresses_dict%20%3D%20iteration.get('stresses'%2C%20%7B%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stress_data%20%3D%20stresses_dict.get('symmetrised')%20or%20stresses_dict.get('non_descript')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20stress_data%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20last%20block%20(final%20stress%20after%20all%20corrections)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20last_stress%20%3D%20stress_data%5B-1%5D%20if%20stress_data%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20last_stress%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.info%5B'stress_max'%5D%20%3D%20float(max(abs(x)%20for%20x%20in%20last_stress))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.info%5B'iteration'%5D%20%3D%20iteration_num%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20trajectory.append(atoms)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Skip%20this%20iteration%20but%20continue%20processing%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continue%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20trajectory%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20issues%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20skipped_no_positions%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20issues.append(f%22%7Bskipped_no_positions%7D%20iterations%20missing%20atomic%20positions%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20skipped_no_cell%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20issues.append(f%22%7Bskipped_no_cell%7D%20iterations%20missing%20cell%20data%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20issue_str%20%3D%20%22%3B%20%22.join(issues)%20if%20issues%20else%20%22unknown%20reason%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22No%20valid%20geometry%20iterations%20could%20be%20extracted%20from%20%7Blen(iterations)%7D%20iterations.%20Issues%3A%20%7Bissue_str%7D%7Bfile_preview%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Check%20for%20minimal%20required%20data%20and%20add%20warnings%0A%20%20%20%20%20%20%20%20data_warnings%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20any('enthalpy'%20in%20a.info%20for%20a%20in%20trajectory)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data_warnings.append(%22No%20enthalpy%20data%20found.%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20any('forces'%20in%20a.arrays%20for%20a%20in%20trajectory)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data_warnings.append(%22No%20force%20data%20found.%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20data_warnings%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20extra_warning%20%3D%20%22%20%22.join(data_warnings)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20warning_msg%20%3D%20f%22%7Bwarning_msg%7D%20%7Bextra_warning%7D%22%20if%20warning_msg%20else%20extra_warning%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20trajectory%2C%20warning_msg%0A%20%20%20%20return%20(castep_to_trajectory%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(Path%2C%20castep_to_trajectory%2C%20geom_to_trajectory)%3A%0A%20%20%20%20def%20file_to_trajectory(file_path)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Parse%20.geom%20or%20.castep%20file%20into%20ASE%20Atoms%20trajectory.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Dispatches%20to%20geom_to_trajectory()%20or%20castep_to_trajectory()%20based%20on%20file%20extension.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tuple%3A%20(trajectory%2C%20error_message)%20where%20error_message%20is%20None%20on%20success%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20a%20warning%20string%20if%20there%20are%20non-fatal%20issues%2C%20or%20an%20error%20string%20on%20failure.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file_path%20%3D%20Path(file_path)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file_ext%20%3D%20file_path.suffix.lower()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20file_ext%20%3D%3D%20'.geom'%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20geom_to_trajectory(file_path)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20file_ext%20%3D%3D%20'.castep'%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20castep_to_trajectory(file_path)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20f%22Unsupported%20file%20extension%20'%7Bfile_ext%7D'.%20Please%20upload%20a%20.geom%20or%20.castep%20file.%22%0A%20%20%20%20return%20(file_to_trajectory%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(np%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20def%20trajectory_to_dataframe(trajectory)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Convert%20ASE%20Atoms%20trajectory%20to%20convergence%20DataFrame.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Calculates%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20enthalpy_change_eV%3A%20Change%20from%20previous%20iteration%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20max_force_eV_ang%3A%20Maximum%20force%20magnitude%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20max_displacement_ang%3A%20Maximum%20atomic%20displacement%20from%20previous%20frame%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20max_stress_GPa%3A%20Maximum%20stress%20component%20(from%20info%5B'stress'%5D%20or%20info%5B'stress_max'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20volume_ang3%3A%20Cell%20volume%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20trajectory%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20pd.DataFrame()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20results%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20prev_enthalpy%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20prev_positions%20%3D%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20atoms%20in%20trajectory%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20iteration%20%3D%20atoms.info.get('iteration'%2C%20len(results)%20%2B%201)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20enthalpy%20%3D%20atoms.info.get('enthalpy')%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Enthalpy%20change%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20enthalpy_change%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20enthalpy%20is%20not%20None%20and%20prev_enthalpy%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20enthalpy_change%20%3D%20enthalpy%20-%20prev_enthalpy%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20prev_enthalpy%20%3D%20enthalpy%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Max%20force%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_force%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20'forces'%20in%20atoms.arrays%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20force_mags%20%3D%20np.linalg.norm(atoms.arrays%5B'forces'%5D%2C%20axis%3D1)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_force%20%3D%20float(force_mags.max())%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Max%20displacement%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_disp%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20positions%20%3D%20atoms.get_positions()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20prev_positions%20is%20not%20None%20and%20len(positions)%20%3D%3D%20len(prev_positions)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20displacements%20%3D%20np.linalg.norm(positions%20-%20prev_positions%2C%20axis%3D1)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_disp%20%3D%20float(displacements.max())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20prev_positions%20%3D%20positions.copy()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Max%20stress%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_stress%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20'stress'%20in%20atoms.info%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_stress%20%3D%20float(np.max(np.abs(atoms.info%5B'stress'%5D)))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20'stress_max'%20in%20atoms.info%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_stress%20%3D%20atoms.info%5B'stress_max'%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Volume%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20volume%20%3D%20float(atoms.get_volume())%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20results.append(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'iteration'%3A%20iteration%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'enthalpy_eV'%3A%20enthalpy%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'enthalpy_change_eV'%3A%20enthalpy_change%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'max_force_eV_ang'%3A%20max_force%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'max_displacement_ang'%3A%20max_disp%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'max_stress_GPa'%3A%20max_stress%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'volume_ang3'%3A%20volume%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20pd.DataFrame(results)%0A%20%20%20%20return%20(trajectory_to_dataframe%2C)%0A%0A%0A%40app.function%0Adef%20dataframe_to_summary(df%2C%20filename%3D%22%22)%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22Generate%20text%20summary%20from%20convergence%20DataFrame.%22%22%22%0A%20%20%20%20if%20df%20is%20None%20or%20df.empty%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22No%20geometry%20optimization%20data%20found.%22%0A%0A%20%20%20%20lines%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%5Cn%7B'%3D'*60%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22CASTEP%20Geometry%20Optimization%20Summary%7B'%3A%20'%20%2B%20filename%20if%20filename%20else%20''%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%7B'%3D'*60%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Total%20iterations%3A%20%20%20%20%20%20%7Blen(df)%7D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Final%20enthalpy%3A%20%20%20%20%20%20%20%20%7Bdf%5B'enthalpy_eV'%5D.iloc%5B-1%5D%3A.6f%7D%20eV%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20if%20df%5B'enthalpy_change_eV'%5D.notna().any()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lines.append(f%22Final%20enthalpy%20change%3A%20%7Bdf%5B'enthalpy_change_eV'%5D.iloc%5B-1%5D%3A.2e%7D%20eV%22)%0A%20%20%20%20if%20df%5B'max_force_eV_ang'%5D.notna().any()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lines.append(f%22Final%20max%20force%3A%20%20%20%20%20%20%20%7Bdf%5B'max_force_eV_ang'%5D.iloc%5B-1%5D%3A.6f%7D%20eV%2F%C3%85%22)%0A%20%20%20%20if%20df%5B'max_displacement_ang'%5D.notna().any()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lines.append(f%22Final%20max%20displacement%3A%7Bdf%5B'max_displacement_ang'%5D.iloc%5B-1%5D%3A.6f%7D%20%C3%85%22)%0A%20%20%20%20if%20df%5B'max_stress_GPa'%5D.notna().any()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lines.append(f%22Final%20max%20stress%3A%20%20%20%20%20%20%7Bdf%5B'max_stress_GPa'%5D.iloc%5B-1%5D%3A.6f%7D%20GPa%22)%0A%20%20%20%20if%20df%5B'volume_ang3'%5D.notna().any()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lines.append(f%22Final%20volume%3A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7Bdf%5B'volume_ang3'%5D.iloc%5B-1%5D%3A.3f%7D%20%C3%85%C2%B3%22)%0A%0A%20%20%20%20lines.append(f%22%7B'%3D'*60%7D%5Cn%22)%0A%20%20%20%20return%20'%5Cn'.join(lines)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20file_upload%20%3D%20mo.ui.file(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Upload%20CASTEP%20file%20(.geom%20or%20.castep)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filetypes%3D%5B%22.geom%22%2C%20%22.castep%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20multiple%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(file_upload%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(file_upload%2C%20mo%2C%20parse_error%2C%20trajectory)%3A%0A%20%20%20%20def%20_get_file_status()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20file_upload.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.md(%22_Supported%20formats%3A%20%60.geom%60%2C%20%60.castep%60_%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filename%20%3D%20file_upload.value%5B0%5D.name%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Check%20for%20errors%20(no%20trajectory%20and%20error%20message)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20trajectory%20and%20parse_error%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Split%20error%20message%20and%20HTML%20file%20preview%20if%20present%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%22%3Cpre%20style%3D%22%20in%20parse_error%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parts%20%3D%20parse_error.split(%22%3Cpre%20style%3D%22%2C%201)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20error_text%20%3D%20parts%5B0%5D.rstrip()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20file_html%20%3D%20%22%3Cpre%20style%3D%22%20%2B%20parts%5B1%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.callout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22**Error%20loading%20%7Bfilename%7D%3A**%5C%5Cn%5C%5Cn%7Berror_text%7D%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.accordion(%7B%22%F0%9F%93%84%20Full%20file%20contents%22%3A%20mo.Html(file_html)%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22danger%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.callout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22**Error%20loading%20%7Bfilename%7D%3A**%5C%5Cn%5C%5Cn%7Bparse_error%7D%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22danger%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Check%20for%20warnings%20(trajectory%20exists%20but%20with%20warning)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20trajectory%20and%20parse_error%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%E2%9C%85%20Loaded%3A%20**%7Bfilename%7D**%20(%7Blen(trajectory)%7D%20iterations)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.callout(mo.md(f%22**Warning%3A**%20%7Bparse_error%7D%22)%2C%20kind%3D%22warn%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Success%20with%20no%20issues%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20trajectory%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.md(f%22%E2%9C%85%20Loaded%3A%20**%7Bfilename%7D**%20(%7Blen(trajectory)%7D%20iterations)%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Fallback%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.md(f%22%E2%9A%A0%EF%B8%8F%20Loaded%20**%7Bfilename%7D**%20but%20no%20data%20extracted.%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%20Upload%20File%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file_upload%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_get_file_status()%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20Path%2C%0A%20%20%20%20file_to_trajectory%2C%0A%20%20%20%20file_upload%2C%0A%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20tempfile%2C%0A%20%20%20%20trajectory_to_dataframe%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20def%20parse_uploaded_file(uploaded_file)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Parse%20uploaded%20.geom%20or%20.castep%20file%20using%20the%20pipeline.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%20(trajectory%2C%20df%2C%20error_msg)%20where%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20trajectory%20has%20normalized%20force_magnitude%20for%20visualization%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20error_msg%20is%20None%20on%20success%2C%20warning%20string%20for%20non-fatal%20issues%2C%20or%20error%20string%20on%20failure%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20uploaded_file%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20None%2C%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20suffix%20%3D%20f%22.%7Buploaded_file.name.split('.')%5B-1%5D%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20with%20tempfile.NamedTemporaryFile(suffix%3Dsuffix%2C%20delete%3DFalse)%20as%20tmp%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tmp.write(uploaded_file.contents)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20temp_path%20%3D%20Path(tmp.name)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20None%2C%20f%22Failed%20to%20create%20temporary%20file%3A%20%7Be%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Step%201%3A%20File%20%E2%86%92%20list%5BAtoms%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20trajectory%2C%20parse_msg%20%3D%20file_to_trajectory(temp_path)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20If%20parsing%20completely%20failed%2C%20return%20early%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20trajectory%20and%20parse_msg%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20None%2C%20parse_msg%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Step%202%3A%20list%5BAtoms%5D%20%E2%86%92%20DataFrame%20%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20trajectory_to_dataframe(trajectory)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Add%20force_magnitude%20array%20for%20visualization%20(normalized%20log%20scale%200-1)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20trajectory%20and%20any('forces'%20in%20a.arrays%20for%20a%20in%20trajectory)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20all_mags%20%3D%20np.concatenate(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20np.linalg.norm(a.arrays%5B'forces'%5D%2C%20axis%3D1)%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20a%20in%20trajectory%20if%20'forces'%20in%20a.arrays%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(all_mags)%20and%20all_mags.min()%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20log_min%2C%20log_max%20%3D%20np.log10(all_mags.min())%2C%20np.log10(all_mags.max())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20atoms%20in%20trajectory%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20'forces'%20in%20atoms.arrays%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mags%20%3D%20np.linalg.norm(atoms.arrays%5B'forces'%5D%2C%20axis%3D1)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Avoid%20division%20by%20zero%20if%20all%20forces%20are%20identical%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20log_max%20%3E%20log_min%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.set_array('force_magnitude'%2C%20(np.log10(mags)%20-%20log_min)%20%2F%20(log_max%20-%20log_min))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.set_array('force_magnitude'%2C%20np.ones_like(mags)%20*%200.5)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20trajectory%2C%20df%2C%20parse_msg%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%2C%20None%2C%20f%22Unexpected%20error%20while%20processing%20file%3A%20%7Be%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20finally%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20temp_path.unlink()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20trajectory%2C%20df%2C%20parse_error%20%3D%20parse_uploaded_file(file_upload.value%5B0%5D)%20if%20file_upload.value%20else%20(%5B%5D%2C%20None%2C%20None)%0A%20%20%20%20return%20df%2C%20parse_error%2C%20trajectory%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20def%20format_value(series%2C%20fmt%3D%22.6f%22%2C%20suffix%3D%22%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Format%20value%20or%20return%20'N%2FA'%20if%20None%2FNaN.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20val%20%3D%20series.iloc%5B-1%5D%20if%20len(series)%20%3E%200%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20val%20is%20None%20or%20(isinstance(val%2C%20float)%20and%20val%20!%3D%20val)%3A%20%20%23%20NaN%20check%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22N%2FA%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20f%22%7Bval%3A%7Bfmt%7D%7D%7Bsuffix%7D%22%0A%0A%20%20%20%20if%20df%20is%20None%20or%20len(df)%20%3D%3D%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20summary_table%20%3D%20%22%23%23%20Summary%5Cn_No%20geometry%20optimization%20data%20found._%22%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20summary_table%20%3D%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%23%20Summary%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%20Metric%20%7C%20Value%20%7C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C--------%7C-------%7C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%20Total%20iterations%20%7C%20%7Blen(df)%7D%20%7C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%20Final%20enthalpy%20%7C%20%7Bformat_value(df%5B'enthalpy_eV'%5D)%7D%20eV%20%7C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%20Final%20max%20force%20%7C%20%7Bformat_value(df%5B'max_force_eV_ang'%5D)%7D%20eV%2F%C3%85%20%7C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%20Final%20max%20stress%20%7C%20%7Bformat_value(df%5B'max_stress_GPa'%5D)%7D%20GPa%20%7C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20mo.md(summary_table)%20if%20df%20is%20not%20None%20and%20len(df)%20%3E%200%20else%20None%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(df%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Convergence%20Plots%0A%20%20%20%20Drag%20on%20the%20**Enthalpy**%20chart%20to%20select%20an%20iteration%20range.%20The%20other%20plots%20and%20structure%20visualization%20will%20update.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%20if%20df%20is%20not%20None%20and%20len(df)%20%3E%200%20else%20None%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20show_tolerances%20%3D%20mo.ui.checkbox(label%3D%22Show%20tolerance%20controls.%20Make%20sure%20to%20enter%20your%20own%20values%20of%20these.%22%2C%20value%3DFalse)%0A%20%20%20%20enthalpy_tolerance%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D1e-5%2C%20start%3D1e-10%2C%20stop%3D1.0%2C%20step%3D1e-6%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Enthalpy%20tolerance%20(eV)%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20force_tolerance%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D0.01%2C%20start%3D1e-6%2C%20stop%3D10.0%2C%20step%3D0.001%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Force%20tolerance%20(eV%2F%C3%85)%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20disp_tolerance%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D0.001%2C%20start%3D1e-6%2C%20stop%3D1.0%2C%20step%3D0.0001%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Displacement%20tolerance%20(%C3%85)%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20stress_tolerance%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D0.01%2C%20start%3D1e-6%2C%20stop%3D10.0%2C%20step%3D0.001%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Stress%20tolerance%20(GPa)%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20disp_tolerance%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enthalpy_tolerance%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20force_tolerance%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_tolerances%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stress_tolerance%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20df%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Master%20enthalpy%20chart%20-%20controls%20filtering%20for%20other%20charts%20and%20trajectory%0A%20%20%20%20if%20df%20is%20not%20None%20and%20len(df)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20brush%20%3D%20alt.selection_interval(encodings%3D%5B'x'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enthalpy_chart%20%3D%20mo.ui.altair_chart(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(df).mark_line(point%3DTrue%2C%20color%3D'steelblue').encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dalt.X('iteration%3AQ'%2C%20title%3D'Iteration')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.Y('enthalpy_eV%3AQ'%2C%20title%3D'Enthalpy%20(eV)'%2C%20scale%3Dalt.Scale(zero%3DFalse))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B'iteration'%2C%20'enthalpy_eV'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).add_params(brush).properties(title%3D'Enthalpy%20(drag%20to%20select%20range)'%2C%20width%3D700%2C%20height%3D250)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20enthalpy_chart%20%3D%20None%0A%20%20%20%20return%20(enthalpy_chart%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20enthalpy_chart)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Get%20selected%20iteration%20range%20from%20enthalpy%20chart%0A%20%20%20%20if%20df%20is%20not%20None%20and%20len(df)%20%3E%200%20and%20enthalpy_chart%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chart_value%20%3D%20enthalpy_chart.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20chart_value%20is%20not%20None%20and%20len(chart_value)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Get%20iteration%20range%20from%20selection%2C%20then%20filter%20original%20df%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20This%20ensures%20we%20use%20the%20original%20data%20with%20all%20columns%20intact%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20selected_iters%20%3D%20set(chart_value%5B'iteration'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20selected_df%20%3D%20df%5Bdf%5B'iteration'%5D.isin(selected_iters)%5D.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20selected_df%20%3D%20df.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Ensure%20proper%20ordering%20by%20iteration%0A%20%20%20%20%20%20%20%20selected_df%20%3D%20selected_df.sort_values('iteration').reset_index(drop%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20min_iter%20%3D%20int(selected_df%5B'iteration'%5D.min())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20max_iter%20%3D%20int(selected_df%5B'iteration'%5D.max())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20is_subset%20%3D%20len(selected_df)%20%3C%20len(df)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20selection_info%20%3D%20f%22**Selected%3A**%20%7Bmin_iter%7D-%7Bmax_iter%7D%20(%7Blen(selected_df)%7D%20pts)%22%20if%20is_subset%20else%20%22%22%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20selected_df%2C%20min_iter%2C%20max_iter%2C%20selection_info%20%3D%20df%2C%201%2C%20len(df)%20if%20df%20is%20not%20None%20else%201%2C%20%22%22%0A%20%20%20%20return%20max_iter%2C%20min_iter%2C%20selected_df%2C%20selection_info%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20force_tolerance%2C%20selected_df%2C%20show_tolerances)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Force%20chart%20-%20only%20show%20if%20force%20data%20exists%0A%20%20%20%20force_chart%20%3D%20None%0A%20%20%20%20if%20selected_df%20is%20not%20None%20and%20len(selected_df)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df%20%3D%20selected_df%5Bselected_df%5B'max_force_eV_ang'%5D.notna()%5D.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_df)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_df%5B'tolerance'%5D%20%3D%20force_tolerance.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20force_chart%20%3D%20alt.layer(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(_df).mark_line(point%3DTrue%2C%20color%3D'green').encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'iteration%3AQ'%2C%20y%3Dalt.Y('max_force_eV_ang%3AQ'%2C%20title%3D'Max%20Force%20(eV%2F%C3%85)'%2C%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B'iteration'%2C%20'max_force_eV_ang'%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20*(%5Balt.Chart(_df).mark_rule(color%3D'red'%2C%20strokeDash%3D%5B5%2C5%5D).encode(y%3D'tolerance%3AQ')%5D%20if%20show_tolerances.value%20else%20%5B%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).properties(title%3D'Force'%2C%20width%3D280%2C%20height%3D200)%0A%20%20%20%20return%20(force_chart%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20enthalpy_tolerance%2C%20selected_df%2C%20show_tolerances)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Enthalpy%20change%20chart%0A%20%20%20%20enthalpy_change_chart%20%3D%20None%0A%20%20%20%20if%20selected_df%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df%20%3D%20selected_df%5Bselected_df%5B'enthalpy_change_eV'%5D.notna()%5D.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_df)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20absolute%20value%20for%20log%20scale%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_df%5B'abs_enthalpy_change'%5D%20%3D%20_df%5B'enthalpy_change_eV'%5D.abs()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_df%5B'tolerance'%5D%20%3D%20enthalpy_tolerance.value%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Calculate%20domain%20including%20tolerance%20for%20proper%20scaling%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data_min%20%3D%20_df%5B'abs_enthalpy_change'%5D.min()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data_max%20%3D%20_df%5B'abs_enthalpy_change'%5D.max()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tol%20%3D%20enthalpy_tolerance.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min_val%20%3D%20max(min(data_min%2C%20tol)%20*%200.5%2C%201e-10)%20%20%23%20Include%20tolerance%2C%20avoid%20zero%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_val%20%3D%20max(data_max%2C%20tol)%20*%202%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20enthalpy_change_chart%20%3D%20alt.layer(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(_df).mark_line(point%3DTrue%2C%20color%3D'steelblue').encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'iteration%3AQ'%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.Y('abs_enthalpy_change%3AQ'%2C%20title%3D'%7C%CE%94H%7C%20(eV)'%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'%2C%20domain%3D%5Bmin_val%2C%20max_val%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(format%3D'.0e'))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B'iteration'%2C%20'enthalpy_change_eV'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20*(%5Balt.Chart(_df).mark_rule(color%3D'red'%2C%20strokeDash%3D%5B5%2C5%5D).encode(y%3D'tolerance%3AQ')%5D%20if%20show_tolerances.value%20else%20%5B%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).properties(title%3D'Enthalpy%20Change'%2C%20width%3D280%2C%20height%3D200)%0A%20%20%20%20return%20(enthalpy_change_chart%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20disp_tolerance%2C%20selected_df%2C%20show_tolerances)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Displacement%20chart%0A%20%20%20%20disp_chart%20%3D%20None%0A%20%20%20%20if%20selected_df%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df%20%3D%20selected_df%5Bselected_df%5B'max_displacement_ang'%5D.notna()%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_df)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_df%20%3D%20_df.assign(tolerance%3Ddisp_tolerance.value)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20disp_chart%20%3D%20alt.layer(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(_df).mark_line(point%3DTrue%2C%20color%3D'orange').encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'iteration%3AQ'%2C%20y%3Dalt.Y('max_displacement_ang%3AQ'%2C%20title%3D'Max%20Disp%20(%C3%85)'%2C%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B'iteration'%2C%20'max_displacement_ang'%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20*(%5Balt.Chart(_df).mark_rule(color%3D'red'%2C%20strokeDash%3D%5B5%2C5%5D).encode(y%3D'tolerance%3AQ')%5D%20if%20show_tolerances.value%20else%20%5B%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).properties(title%3D'Displacement'%2C%20width%3D280%2C%20height%3D200)%0A%20%20%20%20return%20(disp_chart%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20selected_df%2C%20show_tolerances%2C%20stress_tolerance)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Stress%20chart%20(only%20if%20stress%20data%20exists)%0A%20%20%20%20stress_chart%20%3D%20None%0A%20%20%20%20if%20selected_df%20is%20not%20None%20and%20selected_df%5B'max_stress_GPa'%5D.notna().any()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_df%20%3D%20selected_df%5Bselected_df%5B'max_stress_GPa'%5D.notna()%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(_df)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_df%20%3D%20_df.assign(tolerance%3Dstress_tolerance.value)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stress_chart%20%3D%20alt.layer(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(_df).mark_line(point%3DTrue%2C%20color%3D'crimson').encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'iteration%3AQ'%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.Y('max_stress_GPa%3AQ'%2C%20title%3D'Max%20Stress%20(GPa)'%2C%20scale%3Dalt.Scale(type%3D'log'))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B'iteration'%2C%20'max_stress_GPa'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20*(%5Balt.Chart(_df).mark_rule(color%3D'red'%2C%20strokeDash%3D%5B5%2C5%5D).encode(y%3D'tolerance%3AQ')%5D%20if%20show_tolerances.value%20else%20%5B%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).properties(title%3D'Stress'%2C%20width%3D280%2C%20height%3D200)%0A%20%20%20%20return%20(stress_chart%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20selected_df)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Volume%20chart%20(only%20if%20volume%20varies)%0A%20%20%20%20volume_chart%20%3D%20None%0A%20%20%20%20if%20selected_df%20is%20not%20None%20and%20selected_df%5B'volume_ang3'%5D.notna().any()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20vol%20%3D%20selected_df%5B'volume_ang3'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20vol.max()%20-%20vol.min()%20%3E%200.01%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20volume_chart%20%3D%20alt.Chart(selected_df).mark_line(point%3DTrue%2C%20color%3D'purple').encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'iteration%3AQ'%2C%20y%3Dalt.Y('volume_ang3%3AQ'%2C%20title%3D'Volume%20(%C3%85%C2%B3)'%2C%20scale%3Dalt.Scale(zero%3DFalse))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B'iteration'%2C%20'volume_ang3'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20).properties(title%3D'Volume'%2C%20width%3D280%2C%20height%3D200)%0A%20%20%20%20return%20(volume_chart%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20disp_chart%2C%0A%20%20%20%20disp_tolerance%2C%0A%20%20%20%20enthalpy_change_chart%2C%0A%20%20%20%20enthalpy_chart%2C%0A%20%20%20%20enthalpy_tolerance%2C%0A%20%20%20%20force_chart%2C%0A%20%20%20%20force_tolerance%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20selection_info%2C%0A%20%20%20%20show_tolerances%2C%0A%20%20%20%20stress_chart%2C%0A%20%20%20%20stress_tolerance%2C%0A%20%20%20%20volume_chart%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Display%20all%20charts%20in%20grid%0A%20%20%20%20if%20enthalpy_chart%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Build%20rows%20for%20grid%20layout%0A%20%20%20%20%20%20%20%20row1%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20%5Benthalpy_change_chart%2C%20force_chart%5D%20if%20c%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20row2%20%3D%20%5Bc%20for%20c%20in%20%5Bdisp_chart%2C%20stress_chart%2C%20volume_chart%5D%20if%20c%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Build%20tolerance%20controls%20(only%20show%20if%20corresponding%20chart%20exists)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tolerances%20%3D%20%5Benthalpy_tolerance%2C%20force_tolerance%2C%20disp_tolerance%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20stress_chart%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tolerances.append(stress_tolerance)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20enthalpy_chart%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(selection_info)%20if%20selection_info%20else%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20show_tolerances%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(tolerances%2C%20justify%3D'start'%2C%20gap%3D2)%20if%20show_tolerances.value%20else%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(row1%2C%20justify%3D'start'%2C%20gap%3D2)%20if%20row1%20else%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(row2%2C%20justify%3D'start'%2C%20gap%3D2)%20if%20row2%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo%2C%20trajectory)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%20Structure%20Visualization%5CnUse%20controls%20to%20step%20through%20the%20optimization%20trajectory.%22)%20if%20trajectory%20else%20None%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(ASEAdapter%2C%20AtomsViewer%2C%20BaseWidget%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20def%20view_trajectory(atoms_list%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20model_style%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20show_bonded_atoms%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color_by_force%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20boundary%3D%5B%5B-0.1%2C%201.1%5D%2C%20%5B-0.1%2C%201.1%5D%2C%20%5B-0.1%2C%201.1%5D%5D)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Display%20ASE%20Atoms%20trajectory%20using%20weas-widget.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Note%3A%20Changing%20parameters%20while%20animation%20is%20playing%20may%20cause%20a%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rendering%20error.%20This%20sometimes%20recovers%20on%0A%20%20%20%20%20%20%20%20the%20next%20parameter%20change.%20Otherwise%20a%20page%20refresh%20may%20be%20required.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20atoms_list%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.md(%22_No%20trajectory%20data%20available._%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20isinstance(atoms_list%2C%20list)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms_list%20%3D%20%5Batoms_list%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20v%20%3D%20AtomsViewer(BaseWidget(guiConfig%3D%7B%22controls%22%3A%20%7B%22enabled%22%3A%20False%7D%7D))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20v.atoms%20%3D%20ASEAdapter.to_weas(atoms_list%5B0%5D)%20if%20len(atoms_list)%20%3D%3D%201%20else%20%5BASEAdapter.to_weas(a)%20for%20a%20in%20atoms_list%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20v.model_style%20%3D%20model_style%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20v.boundary%20%3D%20boundary%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20v.show_bonded_atoms%20%3D%20show_bonded_atoms%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20v.color_type%20%3D%20%22VESTA%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20color_by_force%20and%20hasattr(atoms_list%5B0%5D%2C%20'arrays')%20and%20'force_magnitude'%20in%20atoms_list%5B0%5D.arrays%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20v.color_by%20%3D%20%22force_magnitude%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20v.color_ramp%20%3D%20%5B%22%23440154%22%2C%20%22%2331688e%22%2C%20%22%2335b779%22%2C%20%22%23fde724%22%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20v._widget%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Race%20condition%20when%20widget%20is%20updated%20during%20animation%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.callout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%E2%8F%B3%20**Viewer%20updating...**%20Stop%20the%20animation%20or%20wait%20a%20moment%2C%20then%20adjust%20a%20setting%20to%20refresh.%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22warn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(view_trajectory%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20trajectory)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Viewer%20controls%0A%20%20%20%20if%20len(trajectory)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20has_forces%20%3D%20hasattr(trajectory%5B0%5D%2C%20'arrays')%20and%20'force_magnitude'%20in%20trajectory%5B0%5D.arrays%0A%20%20%20%20%20%20%20%20model_style_dropdown%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%7B'Ball'%3A%200%2C%20'Ball%20and%20Stick'%3A%201%2C%20'Polyhedral'%3A%202%2C%20'Stick'%3A%203%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D'Ball%20and%20Stick'%2C%20label%3D'Model%20Style'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_bonded%20%3D%20mo.ui.checkbox(label%3D'Show%20bonded%20atoms%20outside%20boundary'%2C%20value%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_by_force_cb%20%3D%20mo.ui.checkbox(label%3D'Color%20by%20force'%2C%20value%3DFalse)%20if%20has_forces%20else%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Boundary%20controls%20for%20unit%20cell%20visualization%20(debounced%20to%20prevent%20rapid%20updates)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary_a_min%20%3D%20mo.ui.number(value%3D0.0%2C%20step%3D0.01%2C%20stop%3D0%2C%20label%3D'**a**(min)%20%3D%20'%2C%20debounce%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary_a_max%20%3D%20mo.ui.number(value%3D1.0%2C%20step%3D0.01%2C%20start%3D1%2C%20label%3D'**a**(max)%20%3D%20'%2C%20debounce%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary_b_min%20%3D%20mo.ui.number(value%3D0.0%2C%20step%3D0.01%2C%20stop%3D0%2C%20label%3D'**b**(min)%20%3D%20'%2C%20debounce%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary_b_max%20%3D%20mo.ui.number(value%3D1.0%2C%20step%3D0.01%2C%20start%3D1%2C%20label%3D'**b**(max)%20%3D%20'%2C%20debounce%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary_c_min%20%3D%20mo.ui.number(value%3D0.0%2C%20step%3D0.01%2C%20stop%3D0%2C%20label%3D'**c**(min)%20%3D%20'%2C%20debounce%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary_c_max%20%3D%20mo.ui.number(value%3D1.0%2C%20step%3D0.01%2C%20start%3D1%2C%20label%3D'**c**(max)%20%3D%20'%2C%20debounce%3DTrue)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_controls%20%3D%20%5Bmodel_style_dropdown%2C%20show_bonded%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20color_by_force_cb%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_controls.append(color_by_force_cb)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_boundary_controls%20%3D%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bboundary_a_min%2C%20boundary_a_max%5D%2C%20justify%3D'start')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bboundary_b_min%2C%20boundary_b_max%5D%2C%20justify%3D'start')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bboundary_c_min%2C%20boundary_c_max%5D%2C%20justify%3D'start')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%20justify%3D'start')%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(_controls%2C%20justify%3D'start')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.accordion(%7B%22%E2%9A%99%EF%B8%8F%20Boundary%20Settings%22%3A%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md('**Ranges%20of%20fractional%20coordinates%3A**')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_boundary_controls%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D)%7D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%20gap%3D1))%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20has_forces%20%3D%20False%0A%20%20%20%20%20%20%20%20model_style_dropdown%20%3D%20show_bonded%20%3D%20color_by_force_cb%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary_a_min%20%3D%20boundary_a_max%20%3D%20boundary_b_min%20%3D%20boundary_b_max%20%3D%20boundary_c_min%20%3D%20boundary_c_max%20%3D%20None%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary_a_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary_a_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary_b_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary_b_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary_c_max%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary_c_min%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_by_force_cb%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20model_style_dropdown%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_bonded%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20boundary_a_max%2C%0A%20%20%20%20boundary_a_min%2C%0A%20%20%20%20boundary_b_max%2C%0A%20%20%20%20boundary_b_min%2C%0A%20%20%20%20boundary_c_max%2C%0A%20%20%20%20boundary_c_min%2C%0A%20%20%20%20color_by_force_cb%2C%0A%20%20%20%20max_iter%2C%0A%20%20%20%20min_iter%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20model_style_dropdown%2C%0A%20%20%20%20show_bonded%2C%0A%20%20%20%20trajectory%2C%0A%20%20%20%20view_trajectory%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Clear%20previous%20output%20before%20rendering%20new%20widget%0A%20%20%20%20mo.output.clear()%0A%0A%20%20%20%20if%20len(trajectory)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filtered_trajectory%20%3D%20trajectory%5Bmin_iter%20-%201%20%3A%20max_iter%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bboundary_a_min.value%2C%20boundary_a_max.value%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bboundary_b_min.value%2C%20boundary_b_max.value%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bboundary_c_min.value%2C%20boundary_c_max.value%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20viewer%20%3D%20view_trajectory(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20filtered_trajectory%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20model_style%3Dmodel_style_dropdown.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20show_bonded_atoms%3Dshow_bonded.value%20if%20show_bonded.value%20else%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color_by_force%3Dcolor_by_force_cb.value%20if%20color_by_force_cb.value%20else%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20boundary%3Dboundary%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22_Showing%20**%7Blen(filtered_trajectory)%7D**%20structures%20(iterations%20%7Bmin_iter%7D%20to%20%7Bmax_iter%7D)_%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20viewer%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D))%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(%22_Upload%20a%20file%20to%20view%20the%20structure%20trajectory._%22))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20local_run_help_text%20%3D%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20%F0%9F%9A%80%20Running%20this%20notebook%20locally%0A%0A%20%20%20%20The%20easiest%20way%20to%20run%20this%20notebook%20on%20your%20machine%20is%20with%20**%60uvx%60**%2C%20which%20creates%20a%20temporary%2C%20sandboxed%20Python%20environment.%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%23%201.%20Install%20%60uvx%60%20(if%20needed)%0A%20%20%20%20%60%60%60bash%0A%20%20%20%20pip%20install%20uvx%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%23%202.%20Launch%20the%20notebook%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60bash%0A%20%20%20%20uvx%20marimo%20run%20castep_geomopt_summary.py%20--sandbox%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%23%20What%20this%20does%0A%0A%20%20%20%20*%20Automatically%20creates%20an%20isolated%20virtual%20environment%0A%20%20%20%20*%20Installs%20required%20dependencies%0A%20%20%20%20*%20Runs%20the%20notebook%20safely%20without%20affecting%20your%20system%20Python%0A%0A%20%20%20%20No%20manual%20environment%20setup%20is%20required.%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%0A%0A%20%20%20%20mo.accordion(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%F0%9F%92%BB%20Run%20this%20notebook%20locally%22%3A%20mo.md(local_run_help_text)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A