castep phonon viewer

%23%20%2F%2F%2F%20script%0A%23%20requires-python%20%3D%20%22%3E%3D3.12%22%0A%23%20dependencies%20%3D%20%5B%0A%23%20%20%20%20%20%22marimo%3D%3D0.19.11%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22castep-outputs%3D%3D0.2.0%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22pandas%3D%3D2.3.3%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22numpy%3D%3D2.4.1%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22ase%3D%3D3.27.0%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22altair%3C6.0.0%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22weas-widget%3D%3D0.2.6%22%2C%0A%23%20%5D%0A%23%20%2F%2F%2F%0A%22%22%22%0ACASTEP%20Phonon%20Visualisation%20Dashboard%0A%0AVisualise%20phonon%20modes%20from%20CASTEP%20.phonon%20files%20using%20weas-widget.%0A%0AUsage%3A%0A%20%20marimo%20run%20castep_phonon_viewer.py%20--sandbox%0A%22%22%22%0A%0Aimport%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.19.11%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%20%20%20%20return%20(mo%2C)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20CASTEP%20Phonon%20Mode%20Viewer%0A%0A%20%20%20%20Upload%20a%20CASTEP%20%60.phonon%60%20file%20to%20visualise%20phonon%20modes.%0A%0A%20%20%20%20-%20Select%20a%20**q-point**%20and%20**mode**%20to%20visualise%0A%20%20%20%20-%20Adjust%20**amplitude**%20and%20**animation%20speed**%20for%20better%20visualisation%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20local_run_help_text%20%3D%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Running%20this%20notebook%20locally%0A%0A%20%20%20%20The%20easiest%20way%20to%20run%20this%20notebook%20on%20your%20machine%20is%20with%20**%60uvx%60**%2C%20which%20creates%20a%20temporary%2C%20sandboxed%20Python%20environment.%0A%0A%20%20%20%20If%20you%20don't%20have%20%60uxv%60%20installed%2C%20you%20can%20get%20it%20with%20pip%3A%0A%20%20%20%20%60%60%60bash%0A%20%20%20%20pip%20install%20uvx%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%0A%20%20%20%20If%20you%20don't%20have%20%60pip%60%20you%20can%20also%20install%20%60uvx%60%20following%20%5Bthese%20instructions%5D(https%3A%2F%2Fdocs.astral.sh%2Fuv%2Fgetting-started%2Finstallation%2F%23standalone-installer).%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%23%20Get%20a%20local%20copy%0A%0A%20%20%20%20Clone%20or%20download%20the%20file%20directly%20from%20GitHub%3A%0A%0A%20%20%20%20You%20can%20go%20to%20this%20URL%20and%20click%20the%20download%20button%3A%0A%0A%20%20%20%20https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fjkshenton%2Fmarimo_notebooks%2Fblob%2Fmain%2Fapps%2Fcastep_phonon_viewer.py%0A%0A%20%20%20%20Or%3A%0A%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60bash%0A%20%20%20%20%23%20Clone%20the%20whole%20repo%0A%20%20%20%20git%20clone%20https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fjkshenton%2Fmarimo_notebooks.git%0A%20%20%20%20cd%20marimo_notebooks%2Fapps%0A%0A%20%20%20%20%23%20Or%20download%20just%20this%20file%0A%20%20%20%20curl%20-O%20https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2Fjkshenton%2Fmarimo_notebooks%2Fmain%2Fapps%2Fcastep_phonon_viewer.py%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%23%20Run%20a%20local%20copy%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60bash%0A%20%20%20%20uvx%20marimo%20run%20castep_phonon_viewer.py%20--sandbox%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%0A%20%20%20%20You%20can%20also%20run%20the%20notebook%20in%20%22edit%22%20mode.%20This%20allows%20you%20to%20see%20and%20modify%20the%20code.%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60bash%0A%20%20%20%20uvx%20marimo%20edit%20castep_phonon_viewer.py%20--sandbox%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%23%20What%20%60--sandbox%60%20does%0A%0A%20%20%20%20*%20Automatically%20creates%20an%20isolated%20virtual%20Python%20environment%0A%20%20%20%20*%20Installs%20required%20dependencies%20declared%20in%20the%20file%0A%20%20%20%20*%20Runs%20the%20notebook%20safely%20without%20affecting%20your%20system%20Python%0A%0A%20%20%20%20No%20manual%20environment%20setup%20is%20required.%0A%0A%0A%20%20%20%20%23%23%23%23%20Run%20directly%20from%20GitHub%20(no%20download%20needed)%0A%0A%20%20%20%20You%20can%20also%20run%20the%20notebook%20directly%20from%20GitHub%20without%20downloading%20it.%20It%20will%20ask%20you%20if%20you%20%0A%20%20%20%20want%20to%20run%20in%20a%20containerised%20environment%20for%20security.%20Generally%20this%20is%20recommended%20if%20you%20don't%20know%20or%20trust%20the%20source%20of%20a%20notebook.%20However%20it%20requires%20Docker%20to%20be%20installed%20and%20isn't%20needed%20for%20this%20particular%20notebook.%0A%0A%20%20%20%20Note%20that%20this%20is%20separate%20from%20the%20%60--sandbox%60%20flag%20that%20runs%20the%20notebook%20in%20an%20isolated%20Python%20environment.%20%0A%20%20%20%20The%20containerised%20environment%20is%20an%20additional%20layer%20of%20security%20that%20isolates%20the%20entire%20notebook%20execution%20from%20your%20system.%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60bash%0A%20%20%20%20uvx%20marimo%20run%20https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2Fjkshenton%2Fmarimo_notebooks%2Fmain%2Fapps%2Fcastep_phonon_viewer.py%20--sandbox%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%0A%0A%20%20%20%20mo.accordion(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%F0%9F%92%BB%20Run%20this%20notebook%20locally%22%3A%20mo.md(local_run_help_text)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20castep_outputs%20as%20co%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%20%20%20%20from%20pathlib%20import%20Path%0A%20%20%20%20from%20ase%20import%20Atoms%0A%20%20%20%20import%20tempfile%0A%0A%20%20%20%20return%20Atoms%2C%20Path%2C%20co%2C%20np%2C%20pd%2C%20tempfile%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20from%20weas_widget.base_widget%20import%20BaseWidget%0A%20%20%20%20from%20weas_widget.atoms_viewer%20import%20AtomsViewer%0A%20%20%20%20from%20weas_widget.utils%20import%20ASEAdapter%0A%0A%20%20%20%20return%20ASEAdapter%2C%20AtomsViewer%2C%20BaseWidget%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20file_upload%20%3D%20mo.ui.file(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Upload%20CASTEP%20phonon%20file%20(.phonon)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filetypes%3D%5B%22.phonon%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20multiple%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(file_upload%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(file_upload%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%20Upload%20File%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file_upload%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%E2%9C%85%20Loaded%3A%20**%7Bfile_upload.value%5B0%5D.name%7D**%22)%20if%20file_upload.value%20else%20mo.md(%22_Upload%20a%20%60.phonon%60%20file%20to%20begin_%22)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(Atoms%2C%20Path%2C%20co%2C%20file_upload%2C%20np%2C%20tempfile)%3A%0A%20%20%20%20def%20parse_phonon_file(uploaded_file)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Parse%20uploaded%20.phonon%20file%20using%20castep_outputs.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%20dict%20with%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20atoms%3A%20ASE%20Atoms%20object%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20qpts%3A%20list%20of%20q-point%20data%20(qpt%2C%20weight%2C%20eigenvalues%2C%20eigenvectors%2C%20ir_intensity)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20n_ions%3A%20number%20of%20ions%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20n_branches%3A%20number%20of%20branches%20(3%20*%20n_ions)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20uploaded_file%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20tempfile.NamedTemporaryFile(suffix%3D%22.phonon%22%2C%20delete%3DFalse)%20as%20tmp%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tmp.write(uploaded_file.contents)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20temp_path%20%3D%20Path(tmp.name)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%20%3D%20co.parse_single(temp_path)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Build%20ASE%20Atoms%20from%20parsed%20data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cell%20%3D%20np.array(data%5B'unit_cell'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20coords%20%3D%20data%5B'coords'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scaled_positions%20%3D%20np.array(%5Bcoords%5B'u'%5D%2C%20coords%5B'v'%5D%2C%20coords%5B'w'%5D%5D).T%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20symbols%20%3D%20coords%5B'spec'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20masses%20%3D%20coords%5B'mass'%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms%20%3D%20Atoms(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20symbols%3Dsymbols%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scaled_positions%3Dscaled_positions%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cell%3Dcell%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pbc%3DTrue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.set_masses(masses)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Process%20q-points%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20CASTEP%20outputs%20q-points%20with%20optional%20direction%20vector%20for%20LO-TO%20splitting%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20at%20Gamma.%20We%20keep%20all%20q-points%20and%20store%20the%20direction%20if%20present.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qpts%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20qpt_data%20in%20data%5B'qpts'%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qpt%20%3D%20qpt_data%5B'qpt'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20weight%20%3D%20qpt_data%5B'weight'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20direction%20%3D%20qpt_data.get('dir'%2C%20None)%20%20%23%20LO-TO%20direction%20if%20present%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20eigenvalues%20%3D%20qpt_data%5B'eigenvalues'%5D%20%20%23%20frequencies%20in%20cm-1%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ir_intensity%20%3D%20qpt_data.get('ir_intensity'%2C%20%5B%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Eigenvectors%3A%20list%20of%20(n_ions%20*%20n_branches)%20tuples%20of%20(x%2C%20y%2C%20z)%20complex%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Reshape%20to%20(n_branches%2C%20n_ions%2C%203)%20complex%20array%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raw_evecs%20%3D%20qpt_data%5B'eigenvectors'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_ions%20%3D%20data%5B'ions'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_branches%20%3D%20data%5B'branches'%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Each%20mode%20has%20n_ions%20eigenvector%20entries%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20eigenvectors%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20mode_idx%20in%20range(n_branches)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode_evecs%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20ion_idx%20in%20range(n_ions)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20evec_idx%20%3D%20mode_idx%20*%20n_ions%20%2B%20ion_idx%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20evec%20%3D%20raw_evecs%5Bevec_idx%5D%20%20%23%20(x%2C%20y%2C%20z)%20complex%20tuple%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mode_evecs.append(%5Bcomplex(evec%5B0%5D)%2C%20complex(evec%5B1%5D)%2C%20complex(evec%5B2%5D)%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20eigenvectors.append(mode_evecs)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20eigenvectors%20%3D%20np.array(eigenvectors)%20%20%23%20(n_branches%2C%20n_ions%2C%203)%20complex%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qpts.append(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'qpt'%3A%20qpt%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'weight'%3A%20weight%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'direction'%3A%20direction%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'eigenvalues'%3A%20eigenvalues%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'eigenvectors'%3A%20eigenvectors%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'ir_intensity'%3A%20ir_intensity%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'atoms'%3A%20atoms%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'qpts'%3A%20qpts%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'n_ions'%3A%20data%5B'ions'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'n_branches'%3A%20data%5B'branches'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'filename'%3A%20uploaded_file.name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20finally%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20temp_path.unlink()%0A%0A%20%20%20%20phonon_data%20%3D%20parse_phonon_file(file_upload.value%5B0%5D)%20if%20file_upload.value%20else%20None%0A%20%20%20%20return%20(phonon_data%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20phonon_data)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Q-point%20selector%0A%20%20%20%20if%20phonon_data%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20def%20_format_qpt(i%2C%20q)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20qpt_str%20%3D%20f%22(%7Bq%5B'qpt'%5D%5B0%5D%3A.3f%7D%2C%20%7Bq%5B'qpt'%5D%5B1%5D%3A.3f%7D%2C%20%7Bq%5B'qpt'%5D%5B2%5D%3A.3f%7D)%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20q%5B'direction'%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20d%20%3D%20q%5B'direction'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20f%22q%7Bi%2B1%7D%3A%20%7Bqpt_str%7D%20dir%3D%5B%7Bd%5B0%5D%3A.2f%7D%2C%7Bd%5B1%5D%3A.2f%7D%2C%7Bd%5B2%5D%3A.2f%7D%5D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20f%22q%7Bi%2B1%7D%3A%20%7Bqpt_str%7D%20%5Bw%3D%7Bq%5B'weight'%5D%3A.4f%7D%5D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20qpt_options%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_format_qpt(i%2C%20q)%3A%20i%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%2C%20q%20in%20enumerate(phonon_data%5B'qpts'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20qpt_selector%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dqpt_options%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dlist(qpt_options.keys())%5B0%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Q-point%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20qpt_selector%20%3D%20None%0A%20%20%20%20return%20(qpt_selector%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20State%20to%20remember%20mode%20index%20across%20q-point%20changes%0A%20%20%20%20get_mode_idx%2C%20set_mode_idx%20%3D%20mo.state(0)%0A%20%20%20%20return%20get_mode_idx%2C%20set_mode_idx%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(get_mode_idx%2C%20mo%2C%20phonon_data%2C%20qpt_selector%2C%20set_mode_idx)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Mode%20selector%20-%20depends%20on%20selected%20q-point%0A%20%20%20%20if%20phonon_data%20and%20qpt_selector%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_qpt_idx%20%3D%20qpt_selector.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_qpt_data%20%3D%20phonon_data%5B'qpts'%5D%5B_qpt_idx%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20eigenvalues%20%3D%20_qpt_data%5B'eigenvalues'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ir_intensities%20%3D%20_qpt_data.get('ir_intensity'%2C%20%5B%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_mode_options%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%2C%20_freq%20in%20enumerate(eigenvalues)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ir_str%20%3D%20f%22%2C%20IR%3A%20%7B_ir_intensities%5Bi%5D%3A.2f%7D%22%20if%20_ir_intensities%20and%20i%20%3C%20len(_ir_intensities)%20else%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_mode_options%5Bf%22Mode%20%7Bi%2B1%7D%3A%20%7B_freq%3A.2f%7D%20cm%E2%81%BB%C2%B9%7B_ir_str%7D%22%5D%20%3D%20i%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Clamp%20remembered%20mode%20index%20to%20available%20modes%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_remembered_idx%20%3D%20min(get_mode_idx()%2C%20len(eigenvalues)%20-%201)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_mode_keys%20%3D%20list(_mode_options.keys())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_initial_value%20%3D%20_mode_keys%5B_remembered_idx%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mode_selector%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D_mode_options%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D_initial_value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Phonon%20Mode%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20on_change%3Dlambda%20val%3A%20set_mode_idx(val)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mode_selector%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20eigenvalues%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20return%20(mode_selector%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Visualization%20controls%0A%20%20%20%20amplitude_slider%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0.2%2C%20stop%3D5.0%2C%20step%3D0.2%2C%20value%3D1.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Amplitude%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20debounce%3DTrue%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20arrow_scale%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0.0%2C%20stop%3D2.0%2C%20step%3D0.1%2C%20value%3D1.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Arrow%20scale%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20debounce%3DTrue%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20static_arrows%20%3D%20mo.ui.checkbox(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Static%20(at%20max%20amplitude)%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20n_frames%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D10%2C%20stop%3D60%2C%20step%3D5%2C%20value%3D20%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Animation%20frames%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20debounce%3DTrue%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20repeat_x%20%3D%20mo.ui.number(value%3D2%2C%20start%3D1%2C%20stop%3D6%2C%20step%3D1%2C%20label%3D%22Repeat%20X%22)%0A%20%20%20%20repeat_y%20%3D%20mo.ui.number(value%3D2%2C%20start%3D1%2C%20stop%3D6%2C%20step%3D1%2C%20label%3D%22Repeat%20Y%22)%0A%20%20%20%20repeat_z%20%3D%20mo.ui.number(value%3D2%2C%20start%3D1%2C%20stop%3D6%2C%20step%3D1%2C%20label%3D%22Repeat%20Z%22)%0A%20%20%20%20arrow_color%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%5B%22blue%22%2C%20%22red%22%2C%20%22green%22%2C%20%22orange%22%2C%20%22purple%22%2C%20%22cyan%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22blue%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Arrow%20color%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20amplitude_slider%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20arrow_color%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20arrow_scale%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_frames%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20repeat_x%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20repeat_y%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20repeat_z%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20static_arrows%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20amplitude_slider%2C%0A%20%20%20%20arrow_color%2C%0A%20%20%20%20arrow_scale%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20mode_selector%2C%0A%20%20%20%20n_frames%2C%0A%20%20%20%20phonon_data%2C%0A%20%20%20%20qpt_selector%2C%0A%20%20%20%20repeat_x%2C%0A%20%20%20%20repeat_y%2C%0A%20%20%20%20repeat_z%2C%0A%20%20%20%20static_arrows%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Display%20controls%0A%20%20%20%20if%20phonon_data%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%20Phonon%20Mode%20Selection%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bqpt_selector%2C%20mode_selector%5D%2C%20justify%3D'start'%2C%20gap%3D2)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%20Visualisation%20Controls%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bamplitude_slider%2C%20arrow_scale%2C%20static_arrows%5D%2C%20justify%3D'start'%2C%20gap%3D2)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Brepeat_x%2C%20repeat_y%2C%20repeat_z%2C%20arrow_color%5D%20%2B%20(%5B%5D%20if%20static_arrows.value%20else%20%5Bn_frames%5D)%2C%20justify%3D'start'%2C%20gap%3D2)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20ASEAdapter%2C%0A%20%20%20%20AtomsViewer%2C%0A%20%20%20%20BaseWidget%2C%0A%20%20%20%20amplitude_slider%2C%0A%20%20%20%20arrow_color%2C%0A%20%20%20%20arrow_scale%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20mode_selector%2C%0A%20%20%20%20n_frames%2C%0A%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20phonon_data%2C%0A%20%20%20%20qpt_selector%2C%0A%20%20%20%20repeat_x%2C%0A%20%20%20%20repeat_y%2C%0A%20%20%20%20repeat_z%2C%0A%20%20%20%20static_arrows%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Clear%20previous%20output%20before%20rendering%20new%20widget%0A%20%20%20%20mo.output.clear()%0A%20%20%20%20%23%20Phonon%20visualisation%0A%20%20%20%20if%20phonon_data%20and%20qpt_selector%20and%20mode_selector%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_qpt_idx%20%3D%20qpt_selector.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_mode_idx%20%3D%20mode_selector.value%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_qpt_data%20%3D%20phonon_data%5B'qpts'%5D%5B_qpt_idx%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_eigenvector%20%3D%20_qpt_data%5B'eigenvectors'%5D%5B_mode_idx%5D%20%20%23%20(n_ions%2C%203)%20complex%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_frequency%20%3D%20_qpt_data%5B'eigenvalues'%5D%5B_mode_idx%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_qpt%20%3D%20_qpt_data%5B'qpt'%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Convert%20eigenvector%20to%20format%20expected%20by%20weas-widget%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Shape%20should%20be%20(n_ions%2C%203%2C%202)%20where%20last%20dim%20is%20%5Breal%2C%20imag%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_evec_for_weas%20%3D%20np.stack(%5B_eigenvector.real%2C%20_eigenvector.imag%5D%2C%20axis%3D-1)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Build%20phonon%20settings%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20For%20static%20arrows%3A%20nframes%3D1%20freezes%20at%20max%20amplitude%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Using%20smaller%20radius%20for%20long%20thin%20arrows%20that%20overlay%20better%20with%20atoms%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_phonon_setting%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22eigenvectors%22%3A%20_evec_for_weas%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22kpoint%22%3A%20list(_qpt)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22amplitude%22%3A%20amplitude_slider.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22factor%22%3A%20arrow_scale.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22nframes%22%3A%201%20if%20static_arrows.value%20else%20int(n_frames.value)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22repeat%22%3A%20%5Bint(repeat_x.value)%2C%20int(repeat_y.value)%2C%20int(repeat_z.value)%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22color%22%3A%20arrow_color.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22radius%22%3A%200.05%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20viewer%20using%20AtomsViewer%20with%20BaseWidget%20(marimo%20compatible)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_v%20%3D%20AtomsViewer(BaseWidget(guiConfig%3D%7B%22controls%22%3A%20%7B%22enabled%22%3A%20False%7D%7D))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_v.atoms%20%3D%20ASEAdapter.to_weas(phonon_data%5B'atoms'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_v.model_style%20%3D%201%20%20%23%20Ball%20and%20Stick%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_v.boundary%20%3D%20%5B%5B-0.1%2C%201.1%5D%2C%20%5B-0.1%2C%201.1%5D%2C%20%5B-0.1%2C%201.1%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_v.color_type%20%3D%20%22VESTA%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_v.phonon_setting%20%3D%20_phonon_setting%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%23%23%23%20Mode%20%7B_mode_idx%20%2B%201%7D%3A%20%7B_frequency%3A.2f%7D%20cm%E2%81%BB%C2%B9%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22Q-point%3A%20(%7B_qpt%5B0%5D%3A.3f%7D%2C%20%7B_qpt%5B1%5D%3A.3f%7D%2C%20%7B_qpt%5B2%5D%3A.3f%7D)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_v._widget%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D))%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(%22_Upload%20a%20phonon%20file%20to%20visualise%20modes_%22))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20pd%2C%20phonon_data)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Frequency%20table%0A%20%20%20%20if%20phonon_data%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_rows%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_qpt_idx%2C%20_qpt_data%20in%20enumerate(phonon_data%5B'qpts'%5D)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_qpt%20%3D%20_qpt_data%5B'qpt'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_weight%20%3D%20_qpt_data%5B'weight'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_direction%20%3D%20_qpt_data%5B'direction'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_ir_data%20%3D%20_qpt_data%5B'ir_intensity'%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Format%20direction%20if%20present%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_direction%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_dir_str%20%3D%20f%22%5B%7B_direction%5B0%5D%3A.2f%7D%2C%20%7B_direction%5B1%5D%3A.2f%7D%2C%20%7B_direction%5B2%5D%3A.2f%7D%5D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_dir_str%20%3D%20'-'%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20_mode_idx%2C%20_freq%20in%20enumerate(_qpt_data%5B'eigenvalues'%5D)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_rows.append(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Q-point'%3A%20f%22(%7B_qpt%5B0%5D%3A.3f%7D%2C%20%7B_qpt%5B1%5D%3A.3f%7D%2C%20%7B_qpt%5B2%5D%3A.3f%7D)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Direction'%3A%20_dir_str%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Weight'%3A%20_weight%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Mode'%3A%20_mode_idx%20%2B%201%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Frequency%20(cm%E2%81%BB%C2%B9)'%3A%20_freq%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'IR%20Intensity'%3A%20_ir_data%5B_mode_idx%5D%20if%20_ir_data%20else%20'N%2FA'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_freq_df%20%3D%20pd.DataFrame(_rows)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%23%23%20Frequency%20Summary%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.table(_freq_df)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A