magres analysis

%23%20%2F%2F%2F%20script%0A%23%20requires-python%20%3D%20%22%3E%3D3.12%22%0A%23%20dependencies%20%3D%20%5B%0A%23%20%20%20%20%20%22marimo%3E%3D0.20.2%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22soprano%3D%3D0.11.1%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22ase%3D%3D3.27.0%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22weas-widget%3D%3D0.2.6%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22altair%22%2C%0A%23%20%5D%0A%23%20%2F%2F%2F%0A%0Aimport%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.21.1%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Interactive%20NMR%20Properties%20Explorer%0A%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%7C_%7C%5C%0A%20%20%20%20%20%20%20%2F%20%2F%20%5C%20%5C%0A%20%20%20%20%20%20%2F_%2F%20%20%20%5C_%5C%0A%20%20%20%20%20%20%5C%20%5C%20%20%20%2F%20%2F%0A%20%20%20%20%20%20%20%5C%20%5C_%2F%20%2F%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5C%7C_%7C%2F%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%20%20%20%20SOPRANO%3A%20a%20Python%20library%20for%20generation%2C%20manipulation%20and%20analysis%20of%20large%20batches%20of%20crystalline%20structures%0A%0A%0A%20%20%20%20*Developed%20within%20the%20CCP-NC%20project.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23%20Basic%20imports%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%20%20%20%20return%20(mo%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%20INLINED%20MARIMO%20UTILS%20%3D%3D%3D%3D%3D%0A%20%20%20%20%23%20Utility%20functions%20for%20marimo%20notebooks%20(originally%20from%20marimo_utils.py)%0A%0A%20%20%20%20import%20json%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%20%20%20%20from%20weas_widget.atoms_viewer%20import%20AtomsViewer%0A%20%20%20%20from%20weas_widget.base_widget%20import%20BaseWidget%0A%20%20%20%20from%20weas_widget.utils%20import%20ASEAdapter%0A%20%20%20%20from%20soprano.selection%20import%20AtomSelection%0A%20%20%20%20import%20altair%20as%20alt%0A%0A%20%20%20%20guiConfig%20%3D%20%7B%22controls%22%3A%20%7B%22enabled%22%3A%20False%7D%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20view_atoms(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20atoms%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20model_style%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20boundary%3D%5B%5B-0.1%2C%201.1%5D%2C%20%5B-0.1%2C%201.1%5D%2C%20%5B-0.1%2C%201.1%5D%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_bonded_atoms%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20highlight_indices%3A%20list%5Bint%5D%20%7C%20None%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Function%20to%20visualise%20an%20ASE%20Atoms%20object%20(of%20list%20of%20them)%20using%20weas_widget.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v%20%3D%20AtomsViewer(BaseWidget(guiConfig%3DguiConfig))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.atoms%20%3D%20ASEAdapter.to_weas(atoms)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.model_style%20%3D%20model_style%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.boundary%20%3D%20boundary%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.show_bonded_atoms%20%3D%20show_bonded_atoms%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.color_type%20%3D%20%22VESTA%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.cell.settings%5B%22showAxes%22%5D%20%3D%20True%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20highlight_indices%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20v.highlight.settings%5B'my_highlight'%5D%20%3D%20%7B%22type%22%3A%20%22sphere%22%2C%20%22indices%22%3A%20highlight_indices%2C%20%22color%22%3A%20%22yellow%22%2C%20%22scale%22%3A%201.3%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20v._widget%0A%0A%20%20%20%20atoms_viewer_params%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22model_style%22%3A%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%7B%22Ball%22%3A%200%2C%20%22Ball%20and%20Stick%22%3A%201%2C%20%22Polyhedral%22%3A%202%2C%20%22Stick%22%3A%203%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Model%20Style%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22Ball%20and%20Stick%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22show_bonded_atoms%22%3A%20mo.ui.checkbox(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Show%20atoms%20bonded%20beyond%20cell%22%2C%20value%3DTrue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20viewer_model_style%20%3D%20atoms_viewer_params%5B'model_style'%5D%0A%20%20%20%20viewer_show_bonded%20%3D%20atoms_viewer_params%5B'show_bonded_atoms'%5D%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20AtomSelection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20view_atoms%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20viewer_model_style%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20viewer_show_bonded%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(AtomSelection%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%20ATOM%20SELECTION%20UTILITIES%20%3D%3D%3D%3D%3D%0A%0A%20%20%20%20def%20create_atom_selection_ui(atoms%3DNone)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Create%20all%20individual%20UI%20elements%20with%20options%20populated%20from%20atoms%20object.%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Get%20options%20from%20atoms%20object%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elements%20%3D%20list(set(atoms.get_chemical_symbols()))%20if%20atoms%20else%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20array_names%20%3D%20list(atoms.arrays.keys())%20if%20atoms%20else%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels%20%3D%20list(set(atoms.arrays%5B'labels'%5D))%20if%20atoms%20and%20'labels'%20in%20atoms.arrays%20else%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20max_index%20%3D%20len(atoms)%20-%201%20if%20atoms%20else%200%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ui_elements%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Method%20selector%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'method'%3A%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20label%3D%22Selection%20Method%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22all%22%2C%20%22index%22%2C%20%22from_element%22%2C%20%22from_selection_string%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22from_index%22%2C%20%22from_label%22%2C%20%22from_box%22%2C%20%22from_sphere%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22from_bonds%22%2C%20%22from_array%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%20%20%22unique%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22all%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Individual%20UI%20elements%20with%20populated%20options%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'index'%3A%20mo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Enter%20atom%20indices%20(comma-separated)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%220%2C1%2C2%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20placeholder%3Df%220-%7Bmax_index%7D%22%20if%20atoms%20else%20%220%2C1%2C2%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'element'%3A%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Select%20Element%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Delements%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Delements%5B0%5D%20if%20elements%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'selection_string'%3A%20mo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Selection%20String%20(e.g.%2C%20'Si'%2C%20'Si.1-3'%2C%20'C1%2CH2')%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22Si%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20placeholder%3D%22Enter%20selection%20string%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'label'%3A%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Select%20Label%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Dlabels%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Dlabels%5B0%5D%20if%20labels%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'box_corner1'%3A%20mo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Box%20Corner%201%20(x%2Cy%2Cz)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%220%2C0%2C0%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20placeholder%3D%220%2C0%2C0%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'box_corner2'%3A%20mo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Box%20Corner%202%20(x%2Cy%2Cz)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%2210%2C10%2C10%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20placeholder%3D%2210%2C10%2C10%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'box_periodic'%3A%20mo.ui.checkbox(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Include%20periodic%20copies%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'box_scaled'%3A%20mo.ui.checkbox(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Use%20fractional%20coordinates%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'sphere_center'%3A%20mo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Sphere%20Center%20(x%2Cy%2Cz)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%220%2C0%2C0%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20placeholder%3D%220%2C0%2C0%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'sphere_radius'%3A%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Sphere%20Radius%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D5.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0.1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D0.1%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'sphere_periodic'%3A%20mo.ui.checkbox(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Include%20periodic%20copies%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'sphere_scaled'%3A%20mo.ui.checkbox(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Use%20fractional%20coordinates%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'bonds_center'%3A%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Center%20Atom%20Index%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stop%3Dmax_index%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'bonds_distance'%3A%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Bond%20Distance%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20start%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20step%3D1%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'bonds_operator'%3A%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Comparison%20Operator%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%5B%22le%22%2C%20%22lt%22%2C%20%22eq%22%2C%20%22ge%22%2C%20%22gt%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22le%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'array_name'%3A%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Array%20Name%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3Darray_names%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Darray_names%5B0%5D%20if%20array_names%20else%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'array_value'%3A%20mo.ui.text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Array%20Value%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20placeholder%3D%22Enter%20value%20to%20compare%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'array_operator'%3A%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Comparison%20Operator%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%5B%22eq%22%2C%20%22lt%22%2C%20%22le%22%2C%20%22ge%22%2C%20%22gt%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22eq%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20'unique_symprec'%3A%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%20%20%20%20label%3D%22Symmetry%20Precision%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%20%20%20%20value%3D1e-4%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%20%20%20%20start%3D1e-6%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%20%20%20%20step%3D1e-5%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20ui_elements%0A%0A%20%20%20%20def%20create_selection_forms(ui_elements)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Create%20form%20objects%20for%20each%20selection%20method%20using%20batch().form()%20pattern.%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20All%20atoms%20form%20(no%20parameters%20needed)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20all_form%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%23%23%20Select%20All%20Atoms%0A%20%20%20%20%20%20%20%20No%20parameters%20required.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22).batch().form(submit_button_label%3D%22Select%20All%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Index%20selection%20form%0A%20%20%20%20%20%20%20%20index_form%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%23%23%20Index%20Selection%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7Bindex_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22).batch(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20index_ui%3Dui_elements%5B'index'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).form(submit_button_label%3D%22Select%20by%20Index%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Element%20selection%20form%0A%20%20%20%20%20%20%20%20element_form%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%23%23%20Element%20Selection%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7Belement_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22).batch(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20element_ui%3Dui_elements%5B'element'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).form(submit_button_label%3D%22Select%20by%20Element%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Selection%20string%20form%0A%20%20%20%20%20%20%20%20selection_string_form%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%23%23%20Selection%20String%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7Bselection_string_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22).batch(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20selection_string_ui%3Dui_elements%5B'selection_string'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).form(submit_button_label%3D%22Select%20by%20String%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Label%20selection%20form%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label_form%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%23%23%20Label%20Selection%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7Blabel_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22).batch(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label_ui%3Dui_elements%5B'label'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).form(submit_button_label%3D%22Select%20by%20Label%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Box%20selection%20form%0A%20%20%20%20%20%20%20%20box_form%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%23%23%20Box%20Selection%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Corner%201%3A**%20%7Bbox_corner1_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Corner%202%3A**%20%7Bbox_corner2_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Options%3A**%20%7Bbox_periodic_ui%7D%20%7Bbox_scaled_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22).batch(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20box_corner1_ui%3Dui_elements%5B'box_corner1'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20box_corner2_ui%3Dui_elements%5B'box_corner2'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20box_periodic_ui%3Dui_elements%5B'box_periodic'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20box_scaled_ui%3Dui_elements%5B'box_scaled'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).form(submit_button_label%3D%22Select%20by%20Box%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Sphere%20selection%20form%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sphere_form%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%23%23%20Sphere%20Selection%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Center%3A**%20%7Bsphere_center_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Radius%3A**%20%7Bsphere_radius_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Options%3A**%20%7Bsphere_periodic_ui%7D%20%7Bsphere_scaled_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22).batch(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sphere_center_ui%3Dui_elements%5B'sphere_center'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sphere_radius_ui%3Dui_elements%5B'sphere_radius'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sphere_periodic_ui%3Dui_elements%5B'sphere_periodic'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sphere_scaled_ui%3Dui_elements%5B'sphere_scaled'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).form(submit_button_label%3D%22Select%20by%20Sphere%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Bonds%20selection%20form%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bonds_form%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%23%23%20Bond%20Distance%20Selection%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Center%20Atom%3A**%20%7Bbonds_center_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Distance%3A**%20%7Bbonds_distance_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Operator%3A**%20%7Bbonds_operator_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22).batch(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20bonds_center_ui%3Dui_elements%5B'bonds_center'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20bonds_distance_ui%3Dui_elements%5B'bonds_distance'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20bonds_operator_ui%3Dui_elements%5B'bonds_operator'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).form(submit_button_label%3D%22Select%20by%20Bonds%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Array%20selection%20form%0A%20%20%20%20%20%20%20%20array_form%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%23%23%20Array%20Value%20Selection%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Array%20Name%3A**%20%7Barray_name_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Value%3A**%20%7Barray_value_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20**Operator%3A**%20%7Barray_operator_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22).batch(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20array_name_ui%3Dui_elements%5B'array_name'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20array_value_ui%3Dui_elements%5B'array_value'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20array_operator_ui%3Dui_elements%5B'array_operator'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).form(submit_button_label%3D%22Select%20by%20Array%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%23%20Unique%20atoms%20form%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20unique_form%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%23%23%23%20Symmetry%20Unique%20Selection%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20**Precision%3A**%20%7Bunique_symprec_ui%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%22%22%22).batch(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%20%20%20%20unique_symprec_ui%3Dui_elements%5B'unique_symprec'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20).form(submit_button_label%3D%22Select%20Unique%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22all%22%3A%20all_form%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22index%22%3A%20index_form%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22from_element%22%3A%20element_form%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22from_selection_string%22%3A%20selection_string_form%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22from_index%22%3A%20index_form%2C%20%20%23%20Same%20as%20index%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22from_label%22%3A%20label_form%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22from_box%22%3A%20box_form%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22from_sphere%22%3A%20sphere_form%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22from_bonds%22%3A%20bonds_form%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22from_array%22%3A%20array_form%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%22unique%22%3A%20unique_form%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20get_current_form(method%2C%20selection_forms)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Get%20the%20current%20form%20based%20on%20selected%20method.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20selection_forms.get(method%2C%20selection_forms%5B%22all%22%5D)%0A%0A%20%20%20%20def%20create_selection_from_form(method%2C%20form%2C%20atoms_in)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Create%20AtomSelection%20from%20form%20values.%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20atoms%20%3D%20atoms_in.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20form.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20AtomSelection.all(atoms)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20form_data%20%3D%20form.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20method%20%3D%3D%20%22all%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20AtomSelection.all(atoms)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20method%20%3D%3D%20%22index%22%20or%20method%20%3D%3D%20%22from_index%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20indices%20%3D%20%5Bint(i.strip())%20for%20i%20in%20form_data%5B'index_ui'%5D.split(%22%2C%22)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20AtomSelection(atoms%2C%20indices)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20method%20%3D%3D%20%22from_element%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20AtomSelection.from_element(atoms%2C%20form_data%5B'element_ui'%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20method%20%3D%3D%20%22from_selection_string%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20AtomSelection.from_selection_string(atoms%2C%20form_data%5B'selection_string_ui'%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20method%20%3D%3D%20%22from_label%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20AtomSelection.from_array(atoms%2C%20'labels'%2C%20form_data%5B'label_ui'%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20method%20%3D%3D%20%22from_box%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20corner1%20%3D%20%5Bfloat(x.strip())%20for%20x%20in%20form_data%5B'box_corner1_ui'%5D.split(%22%2C%22)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20corner2%20%3D%20%5Bfloat(x.strip())%20for%20x%20in%20form_data%5B'box_corner2_ui'%5D.split(%22%2C%22)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20AtomSelection.from_box(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms%2C%20corner1%2C%20corner2%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20periodic%3Dform_data%5B'box_periodic_ui'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scaled%3Dform_data%5B'box_scaled_ui'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20method%20%3D%3D%20%22from_sphere%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20center%20%3D%20%5Bfloat(x.strip())%20for%20x%20in%20form_data%5B'sphere_center_ui'%5D.split(%22%2C%22)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20AtomSelection.from_sphere(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms%2C%20center%2C%20form_data%5B'sphere_radius_ui'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20periodic%3Dform_data%5B'sphere_periodic_ui'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scaled%3Dform_data%5B'sphere_scaled_ui'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20method%20%3D%3D%20%22from_bonds%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20AtomSelection.from_bonds(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20form_data%5B'bonds_center_ui'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20form_data%5B'bonds_distance_ui'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20op%3Dform_data%5B'bonds_operator_ui'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20method%20%3D%3D%20%22from_array%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Try%20to%20convert%20value%20to%20appropriate%20type%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value_str%20%3D%20form_data%5B'array_value_ui'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20'.'%20in%20str(value_str)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%20%3D%20float(value_str)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%20%3D%20int(value_str)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20ValueError%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%20%3D%20value_str%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20AtomSelection.from_array(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20form_data%5B'array_name_ui'%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20op%3Dform_data%5B'array_operator_ui'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20elif%20method%20%3D%3D%20%22unique%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%20%20%20%20return%20AtomSelection.unique(atoms%2C%20symprec%3Dform_data%5B'unique_symprec_ui'%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20AtomSelection(atoms%2C%20%5B%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22%23%23%20Error%20creating%20selection%3A%20%7Be%7D%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20AtomSelection(atoms%2C%20%5B%5D)%0A%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20create_atom_selection_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20create_selection_forms%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20create_selection_from_form%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20get_current_form%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20np%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%20%3D%3D%3D%3D%3D%20NMR%20SPECTRUM%20UTILITIES%20%3D%3D%3D%3D%3D%0A%0A%20%20%20%20def%20create_nmr_spectrum(df%2C%20shielding_column%2C%20broadening%3D0.5%2C%20points%3D2048%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20chemical_shift_range%3DNone%2C%20normalize%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20reference_shielding%20%3D%200%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20species%3DNone%2C%20species_column%3D'species'%2C%20labels_column%3D'labels')%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Create%20a%20simulated%20NMR%20spectrum%20from%20magnetic%20shielding%20data.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Parameters%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20-----------%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3A%20pandas.DataFrame%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20DataFrame%20containing%20the%20magnetic%20shielding%20data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20shielding_column%20%3A%20str%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Name%20of%20the%20column%20containing%20magnetic%20shielding%20values%0A%20%20%20%20%20%20%20%20broadening%20%3A%20float%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Gaussian%20broadening%20factor%20(FWHM%20in%20ppm)%2C%20default%200.5%0A%20%20%20%20%20%20%20%20points%20%3A%20int%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Number%20of%20points%20in%20the%20spectrum%2C%20default%202048%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chemical_shift_range%20%3A%20tuple%20or%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Range%20for%20chemical%20shift%20axis%20(min%2C%20max)%20in%20ppm.%20If%20None%2C%20automatically%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20determined%20from%20data%20range%20with%2010%25%20padding%2C%20default%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20normalize%20%3A%20bool%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Whether%20to%20normalize%20the%20spectrum%2C%20default%20True%0A%20%20%20%20%20%20%20%20reference_shielding%20%3A%20float%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Reference%20shielding%20value%20for%20converting%20to%20chemical%20shifts%2C%20default%200%20ppm%0A%20%20%20%20%20%20%20%20species%20%3A%20str%20or%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Species%20to%20filter%20by%20(e.g.%2C%20'H'%2C%20'C'%2C%20'N').%20If%20None%2C%20uses%20all%20data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20species_column%20%3A%20str%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Name%20of%20the%20column%20containing%20species%20information%2C%20default%20'species'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels_column%20%3A%20str%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Name%20of%20the%20column%20containing%20atom%20labels%2C%20default%20'labels'%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20--------%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dict%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Dictionary%20with%20'spectrum'%20DataFrame%20and%20'peaks'%20DataFrame%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Filter%20by%20species%20if%20specified%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20species%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20species_column%20not%20in%20df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(f%22Species%20column%20'%7Bspecies_column%7D'%20not%20found%20in%20DataFrame%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Filter%20for%20rows%20containing%20the%20specified%20species%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20filtered_df%20%3D%20df%5Bdf%5Bspecies_column%5D.str.contains(species%2C%20case%3DFalse%2C%20na%3DFalse)%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20filtered_df.empty%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(f%22No%20rows%20found%20containing%20species%20'%7Bspecies%7D'%20in%20column%20'%7Bspecies_column%7D'%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Filtered%20to%20%7Blen(filtered_df)%7D%20rows%20containing%20species%20'%7Bspecies%7D'%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20filtered_df%20%3D%20df%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Extract%20shielding%20values%2C%20labels%2C%20and%20remove%20any%20NaN%20values%0A%20%20%20%20%20%20%20%20useful_columns%20%3D%20%5Bshielding_column%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20labels_column%20in%20filtered_df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20useful_columns.append(labels_column)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20clean_df%20%3D%20filtered_df%5Buseful_columns%5D.dropna(subset%3D%5Bshielding_column%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20shielding_values%20%3D%20clean_df%5Bshielding_column%5D.values%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Get%20labels%20if%20available%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20labels_column%20in%20filtered_df.columns%20and%20not%20clean_df.empty%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labels%20%3D%20clean_df%5Blabels_column%5D.values%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labels%20%3D%20%5Bf%22Peak_%7Bi%2B1%7D%22%20for%20i%20in%20range(len(shielding_values))%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20labels_column%20not%20in%20filtered_df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Warning%3A%20Labels%20column%20'%7Blabels_column%7D'%20not%20found%2C%20using%20generic%20labels%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Convert%20shielding%20to%20chemical%20shift%20(%CE%B4%20%3D%20%CF%83_ref%20-%20%CF%83_sample)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chemical_shifts%20%3D%20reference_shielding%20-%20shielding_values%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Determine%20chemical%20shift%20range%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20chemical_shift_range%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(chemical_shifts)%20%3D%3D%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20If%20only%20one%20peak%2C%20set%20a%20default%20range%20around%20it%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cs_min%20%3D%20chemical_shifts%5B0%5D%20-%205%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cs_max%20%3D%20chemical_shifts%5B0%5D%20%2B%205%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Only%20one%20peak%20found.%20Setting%20chemical%20shift%20range%20to%3A%20%7Bcs_min%3A.2f%7D%20to%20%7Bcs_max%3A.2f%7D%20ppm%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Auto-determine%20range%20from%20data%20with%2010%25%20padding%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cs_min_data%20%3D%20np.min(chemical_shifts)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cs_max_data%20%3D%20np.max(chemical_shifts)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cs_range%20%3D%20cs_max_data%20-%20cs_min_data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20cs_range%20%3C%201e-3%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cs_range%20%3D%2010.0%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20padding%20%3D%20cs_range%20*%200.1%20%20%23%2010%25%20padding%20on%20each%20side%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cs_min%20%3D%20cs_min_data%20-%20padding%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cs_max%20%3D%20cs_max_data%20%2B%20padding%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Auto-determined%20chemical%20shift%20range%3A%20%7Bcs_min%3A.2f%7D%20to%20%7Bcs_max%3A.2f%7D%20ppm%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cs_min%2C%20cs_max%20%3D%20chemical_shift_range%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20the%20chemical%20shift%20axis%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cs_axis%20%3D%20np.linspace(cs_min%2C%20cs_max%2C%20points)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Initialize%20spectrum%20and%20peak%20information%0A%20%20%20%20%20%20%20%20spectrum%20%3D%20np.zeros(points)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20peak_info%20%3D%20%5B%5D%20%20%23%20Store%20peak%20information%20for%20tooltips%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Add%20peaks%20for%20each%20chemical%20shift%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sigma%20%3D%20broadening%20%2F%20(2%20*%20np.sqrt(2%20*%20np.log(2)))%20%20%23%20Convert%20FWHM%20to%20sigma%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%2C%20(cs%2C%20label)%20in%20enumerate(zip(chemical_shifts%2C%20labels))%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20cs_min%20%3C%3D%20cs%20%3C%3D%20cs_max%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20Gaussian%20peak%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20peak%20%3D%20np.exp(-0.5%20*%20((cs_axis%20-%20cs)%20%2F%20sigma)%20**%202)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20spectrum%20%2B%3D%20peak%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Store%20peak%20information%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20peak_info.append(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'chemical_shift'%3A%20cs%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'label'%3A%20str(label)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'shielding'%3A%20shielding_values%5Bi%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Normalize%20if%20requested%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20normalize%20and%20np.max(spectrum)%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20spectrum%20%3D%20spectrum%20%2F%20np.max(spectrum)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20DataFrame%20for%20plotting%0A%20%20%20%20%20%20%20%20spectrum_df%20%3D%20pd.DataFrame(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'chemical_shift'%3A%20cs_axis%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'intensity'%3A%20spectrum%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Add%20peak%20information%20for%20hover%20tooltips%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20a%20mapping%20of%20peak%20positions%20to%20labels%0A%20%20%20%20%20%20%20%20peak_labels_map%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20peak_data%20in%20peak_info%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Find%20closest%20point%20in%20spectrum%20to%20this%20chemical%20shift%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20closest_idx%20%3D%20np.argmin(np.abs(cs_axis%20-%20peak_data%5B'chemical_shift'%5D))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20peak_labels_map%5Bclosest_idx%5D%20%3D%20peak_data%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Add%20label%20information%20to%20spectrum%20dataframe%0A%20%20%20%20%20%20%20%20spectrum_df%5B'peak_label'%5D%20%3D%20''%0A%20%20%20%20%20%20%20%20spectrum_df%5B'atom_shielding'%5D%20%3D%20np.nan%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20idx%2C%20peak_data%20in%20peak_labels_map.items()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Assign%20label%20to%20nearby%20points%20(within%20broadening%20width)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sigma_points%20%3D%20int(sigma%20%2F%20(cs_axis%5B1%5D%20-%20cs_axis%5B0%5D))%20%20%23%20Convert%20sigma%20to%20points%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20start_idx%20%3D%20max(0%2C%20idx%20-%20sigma_points)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20end_idx%20%3D%20min(len(spectrum_df)%2C%20idx%20%2B%20sigma_points%20%2B%201)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20spectrum_df.loc%5Bstart_idx%3Aend_idx%2C%20'peak_label'%5D%20%3D%20peak_data%5B'label'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20spectrum_df.loc%5Bstart_idx%3Aend_idx%2C%20'atom_shielding'%5D%20%3D%20peak_data%5B'shielding'%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22spectrum%22%3A%20spectrum_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22peaks%22%3A%20pd.DataFrame(peak_info)%20%20%23%20chemical_shift%2C%20label%2C%20shielding%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%0A%20%20%20%20def%20plot_nmr_spectrum(results%2C%20title%3D%22Simulated%20NMR%20Spectrum%22%2C%20width%3D700%2C%20height%3D400%2C%20y_headroom%3D0.1%2C%20show_labels%3DTrue)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Plot%20NMR%20spectrum%20with%20chemical%20shift%20axis%20on%20bottom%20and%20peak%20labels%20on%20top.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Parameters%0A%20%20%20%20%20%20%20%20----------%0A%20%20%20%20%20%20%20%20results%20%3A%20dict%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Output%20from%20create_nmr_spectrum%20containing%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20'spectrum'%20%3A%20DataFrame%20with%20chemical_shift%2C%20intensity%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20-%20'peaks'%20%20%20%20%3A%20DataFrame%20with%20chemical_shift%2C%20label%2C%20shielding%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%20%3A%20str%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Plot%20title%0A%20%20%20%20%20%20%20%20width%2C%20height%20%3A%20int%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Chart%20dimensions%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y_headroom%20%3A%20float%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Fractional%20headroom%20to%20add%20above%20max%20intensity%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_labels%20%3A%20bool%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Whether%20to%20show%20peak%20labels%20above%20ticks%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20spectrum_df%20%3D%20results%5B%22spectrum%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20peaks_df%20%3D%20results%5B%22peaks%22%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20spectrum_df.empty%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20alt.Chart().mark_text(text%3D%22No%20data%20to%20display%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y_max%20%3D%20spectrum_df%5B'intensity'%5D.max()%20*%20(1%20%2B%20y_headroom)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20main%20spectrum%20line%20(defines%20bottom%20axis)%20---%0A%20%20%20%20%20%20%20%20line_chart%20%3D%20alt.Chart(spectrum_df).mark_line(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D'%232E86AB'%2C%20strokeWidth%3D2%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dalt.X('chemical_shift%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Chemical%20Shift%20(%5Cu03b4)%20%2F%20ppm'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(reverse%3DTrue)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20orient%3D'bottom'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titleFontSize%3D14%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelFontSize%3D12%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20grid%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20domain%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ticks%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3DTrue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.Y('intensity%3AQ'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D'Intensity'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(domain%3D%5B0%2C%20y_max%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20orient%3D'left'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20titleFontSize%3D14%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labelFontSize%3D12%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ticks%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20domain%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20grid%3DFalse%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip('peak_label%3AN'%2C%20title%3D'Site')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip('chemical_shift%3AQ'%2C%20title%3D'%5Cu03b4%2Fppm'%2C%20format%3D'.3f')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip('atom_shielding%3AQ'%2C%20title%3D'Shielding%2Fppm'%2C%20format%3D'.3f')%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20peak%20ticks%20at%20top%20---%0A%20%20%20%20%20%20%20%20peak_ticks%20%3D%20alt.Chart(peaks_df).mark_tick(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20size%3D15%2C%20thickness%3D2%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dalt.X('chemical_shift%3AQ'%2C%20scale%3Dalt.Scale(reverse%3DTrue))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.value(height%20-%2020)%20%20%23%20position%20from%20top%20of%20plot%20area%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20peak%20labels%20above%20ticks%20---%0A%20%20%20%20%20%20%20%20peak_labels%20%3D%20alt.Chart(peaks_df).mark_text(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dy%3D-25%2C%20fontSize%3D11%2C%20clip%3DFalse%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dalt.X('chemical_shift%3AQ'%2C%20scale%3Dalt.Scale(reverse%3DTrue))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.value(height%20-%2020)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20text%3D'label%3AN'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20---%20combine%20all%20with%20proper%20resolution%20---%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chart_tuple%20%3D%20line_chart%20%2B%20peak_ticks%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20show_labels%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20chart_tuple%20%2B%3D%20peak_labels%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chart%20%3D%20chart_tuple.add_params(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.selection_interval(bind%3D'scales'%2C%20encodings%3D%5B'x'%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).resolve_scale(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3D'shared'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3D'shared'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).properties(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Dalt.TitleParams(text%3Dtitle%2C%20fontSize%3D16%2C%20anchor%3D'start')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20width%3Dwidth%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3Dheight%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20padding%3D%7B%22top%22%3A%2010%2C%20%22left%22%3A%2080%2C%20%22right%22%3A%2020%2C%20%22bottom%22%3A%2010%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20).configure_view(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continuousWidth%3Dwidth%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20continuousHeight%3Dheight%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20clip%3DFalse%20%20%23%20disable%20clipping%20to%20show%20labels%20outside%20plot%20area%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20chart%0A%0A%0A%20%20%20%20def%20get_available_species(df%2C%20species_column%3D'species')%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Get%20a%20list%20of%20unique%20species%20available%20in%20the%20DataFrame.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Parameters%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20-----------%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3A%20pandas.DataFrame%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20DataFrame%20containing%20the%20species%20data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20species_column%20%3A%20str%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Name%20of%20the%20column%20containing%20species%20information%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20--------%0A%20%20%20%20%20%20%20%20list%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20List%20of%20unique%20species%20found%20in%20the%20column%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20species_column%20not%20in%20df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20sorted(df%5Bspecies_column%5D.dropna().unique().tolist())%0A%0A%20%20%20%20return%20create_nmr_spectrum%2C%20get_available_species%2C%20plot_nmr_spectrum%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23%20Other%20useful%20imports%0A%0A%20%20%20%20import%20ase%0A%20%20%20%20from%20ase%20import%20io%20as%20ase_io%0A%0A%20%20%20%20from%20soprano.properties.nmr%20import%20MSIsotropy%2C%20MSAnisotropy%2C%20MSAsymmetry%2C%20MSSpan%2C%20MSSkew%2C%20EFGVzz%2C%20EFGTensor%2C%20EFGAsymmetry%2C%20EFGAnisotropy%2C%20EFGSpan%2C%20EFGQuaternion%2C%20MSTensor%2C%20MSEuler%2C%20EFGQuadrupolarConstant%0A%20%20%20%20from%20soprano.properties.nmr.dipolar%20import%20DipolarCoupling%0A%20%20%20%20from%20soprano.nmr%20import%20NMRTensor%0A%20%20%20%20from%20soprano.properties.labeling%20import%20MagresViewLabels%0A%0A%0A%20%20%20%20from%20soprano.scripts.cli_utils%20import%20reload_as_molecular_crystal%0A%20%20%20%20from%20soprano.scripts.nmr%20import%20build_nmr_df%0A%0A%20%20%20%20import%20matplotlib.pyplot%20as%20plt%0A%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20EFGTensor%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20MSTensor%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20MagresViewLabels%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20NMRTensor%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ase_io%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20build_nmr_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20reload_as_molecular_crystal%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Load%20a%20magres%20file%0A%0A%20%20%20%20Upload%20a%20%60.magres%60%20file%20to%20visualise%20NMR%20properties.%20The%20file%20should%20contain%20magnetic%20shielding%20(%60ms%60)%20data.%0A%0A%20%20%20%20ASE%20can%20read%20the%20Magres%20file%20format%20and%20is%20usually%20used%20here.%20However%20Soprano%20just%20requires%20that%20an%20Atoms%20object%20has%20the%20relevant%20data%20attached.%20For%20example%2C%20to%20work%20with%20magnetic%20shielding%20information%2C%20the%20Atoms%20object%20should%20have%20an%20'ms'%20array.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20file_upload%20%3D%20mo.ui.file(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Upload%20a%20.magres%20file%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filetypes%3D%5B%22.magres%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20multiple%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(file_upload%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(file_upload%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file_upload%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%E2%9C%85%20Loaded%3A%20**%7Bfile_upload.value%5B0%5D.name%7D**%22)%20if%20file_upload.value%20else%20mo.md(%22_Upload%20a%20%60.magres%60%20file%20to%20begin_%22)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(ase_io%2C%20file_upload%2C%20mo%2C%20np%2C%20reload_as_molecular_crystal)%3A%0A%20%20%20%20import%20tempfile%0A%20%20%20%20from%20pathlib%20import%20Path%20as%20TempPath%0A%0A%20%20%20%20def%20parse_magres_file(uploaded_file)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Parse%20uploaded%20.magres%20file%20using%20ASE.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%20ASE%20Atoms%20object%20with%20NMR%20data%2C%20or%20None%20if%20parsing%20fails.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20uploaded_file%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20None%2C%20None%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20tempfile.NamedTemporaryFile(suffix%3D%22.magres%22%2C%20delete%3DFalse)%20as%20tmp%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tmp.write(uploaded_file.contents)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20temp_path%20%3D%20TempPath(tmp.name)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms%20%3D%20ase_io.read(temp_path)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.center()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms%20%3D%20reload_as_molecular_crystal(atoms)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20hack%20to%20make%20build_nmr_df%20happy%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20atoms.has('multiplicity')%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.set_array('multiplicity'%2C%20np.ones(len(atoms)%2C%20dtype%3Dint))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20atoms.set_array('tags'%2C%20np.arange(len(atoms)))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20atoms%2C%20uploaded_file.name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.md(f%22**Error%20parsing%20file%3A**%20%7Be%7D%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20None%2C%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20finally%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20temp_path.unlink()%0A%0A%20%20%20%20if%20file_upload.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20atoms%2C%20magres_filename%20%3D%20parse_magres_file(file_upload.value%5B0%5D)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20atoms%2C%20magres_filename%20%3D%20None%2C%20None%0A%0A%20%20%20%20atoms_not_loaded_correctly%20%3D%20(atoms%20is%20None)%20or%20(len(atoms)%20%3D%3D%200)%20or%20(not%20atoms.has('ms'))%0A%20%20%20%20mo.stop(atoms_not_loaded_correctly%2C%20mo.md(r%22%22%22**Please%20upload%20a%20%60.magres%60%20file%20above%20to%20load%20the%20data%20and%20continue%20with%20the%20tutorial.**%22%22%22))%0A%20%20%20%20return%20atoms%2C%20magres_filename%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(atoms%2C%20mo%2C%20view_atoms%2C%20viewer_model_style%2C%20viewer_show_bonded)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bview_atoms(atoms%2C%20model_style%3Dviewer_model_style.value%2C%20show_bonded_atoms%3Dviewer_show_bonded.value)%2C%20mo.hstack(%5Bviewer_model_style%2C%20viewer_show_bonded%5D)%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(atoms%2C%20create_atom_selection_ui%2C%20create_selection_forms%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20sel_ui_elements%20%3D%20create_atom_selection_ui(atoms)%0A%20%20%20%20selection_forms%20%3D%20create_selection_forms(sel_ui_elements)%0A%0A%20%20%20%20sel_method_ui%20%3D%20sel_ui_elements%5B'method'%5D%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22%23%23%20Select%20subset%20by%22)%2C%20sel_method_ui%5D)%0A%20%20%20%20return%20sel_method_ui%2C%20selection_forms%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(get_current_form%2C%20sel_method_ui%2C%20selection_forms)%3A%0A%20%20%20%20current_sel_form%20%3D%20get_current_form(sel_method_ui.value%2C%20selection_forms)%0A%20%20%20%20current_sel_form%20%0A%20%20%20%20return%20(current_sel_form%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20atoms%2C%0A%20%20%20%20create_selection_from_form%2C%0A%20%20%20%20current_sel_form%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20sel_method_ui%2C%0A%20%20%20%20view_atoms%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20selection%20%3D%20create_selection_from_form(sel_method_ui.value%2C%20current_sel_form%2C%20atoms)%0A%20%20%20%20sel_subset%20%3D%20selection.subset(atoms)%0A%0A%20%20%20%20mo.accordion(%7B%22View%20selected%20subset%20of%20atoms%22%3A%20view_atoms(atoms%2C%20highlight_indices%3Dselection.indices)%7D%2C%20lazy%3DFalse)%0A%20%20%20%20return%20(sel_subset%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(np%2C%20sel_subset)%3A%0A%20%20%20%20atoms_labels%20%3D%20sel_subset.get_array('labels')%0A%20%20%20%20print(f'There%20are%20%7Blen(atoms_labels)%7D%20labels%20-%20one%20for%20each%20site')%0A%20%20%20%20print(f'but%20there%20are%20only%20%7Blen(np.unique(atoms_labels))%7D%20unique%20labels.')%0A%20%20%20%20print(f'%5CnThe%20unique%20labels%20are%3A%20%5Cn%7Bnp.unique(atoms_labels)%7D')%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Magnetic%20shieldings%20and%20chemical%20shifts%0A%0A%20%20%20%20All%20the%20NMR%20tensors%20stored%20in%20the%20original%20.magres%20file%20are%20saved%20as%20arrays%20in%20the%20Atoms%20object%20and%20can%20be%20accessed%20directly.%20However%2C%20Soprano%20also%20provides%20a%20set%20of%20properties%20to%20express%20the%20tensors%20in%20the%20form%20of%20parameters%20useful%20to%20compute%20the%20spectrum.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Shielding%20conventions%0A%0A%20%20%20%20There%20are%20many%20different%20conventions%20used%20to%20describe%20the%20magnetic%20shielding%20tensors.%20These%20are%20nicely%20explained%20here%3A%0A%20%20%20%20http%3A%2F%2Fanorganik.uni-tuebingen.de%2Fklaus%2Fnmr%2Findex.php%3Fp%3Dconventions%2Fcsa%2Fcsa%0A%0A%20%20%20%20and%20in%20the%20Soprano%20documentation.%0A%0A%20%20%20%20There%20are%20some%20convenience%20methods%20in%20Soprano%20to%20get%20descriptions%20of%20the%20MS%20tensor%20according%20to%20different%20conventions.%20First%20we%20can%20extract%20a%20list%20of%20MagneticShielding%20objects%20from%20the%20Atoms%20object%2C%20then%20we%20can%20use%20different%20methods%20to%20get%20the%20tensor%20in%20different%20conventions.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(MagresViewLabels%2C%20mo%2C%20sel_subset)%3A%0A%20%20%20%20subset_labels%20%3D%20MagresViewLabels.get(sel_subset)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Dropdown%20with%20the%20subset%20labels%0A%20%20%20%20label_selector_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(options%3Dsubset_labels%2C%20label%3D'Select%20atom%20label%3A'%2C%20value%3Dsubset_labels%5B0%5D)%0A%0A%20%20%20%20label_selector_ui%0A%20%20%20%20return%20label_selector_ui%2C%20subset_labels%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(MSTensor%2C%20label_selector_ui%2C%20mo%2C%20np%2C%20sel_subset%2C%20subset_labels)%3A%0A%20%20%20%20mstensors%20%3D%20MSTensor.get(sel_subset)%0A%20%20%20%20%23%20Index%20of%20selected%20label%0A%20%20%20%20index%20%3D%20np.where(np.array(subset_labels)%20%3D%3D%20label_selector_ui.value)%5B0%5D%5B0%5D%0A%20%20%20%20ms0%20%3D%20mstensors%5Bindex%5D%0A%20%20%20%20mo.ui.tabs(tabs%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22IUPAC%22%3A%20ms0.iupac_values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Haeberlen%22%3A%20ms0.haeberlen_values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22Herzfeld-Berger%22%3A%20ms0.herzfeldberger_values%7D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(build_nmr_df%2C%20magres_filename%2C%20mo%2C%20sel_subset%2C%20subset_labels)%3A%0A%20%20%20%20df%20%3D%20build_nmr_df(sel_subset%2C%20fname%20%3D%20magres_filename)%0A%20%20%20%20%23%20Add%20in%20the%20magresview%20labels%0A%20%20%20%20df%5B'magresview_labels'%5D%20%3D%20subset_labels%0A%20%20%20%20dataframe%20%3D%20mo.ui.dataframe(df%2C%20page_size%3D10)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%23%23%20NMR%20DataFrame%22%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22The%20DataFrame%20below%20contains%20all%20the%20NMR%20parameters%20computed%20by%20Soprano%20for%20the%20selected%20atoms.%20You%20can%20further%20filter%20sites%20and%20also%20sort%20the%20DataFrame%20as%20needed.%20The%20filtered%20sites%20are%20then%20used%20to%20compute%20the%20NMR%20spectrum%20above%20(by%20default%20it%20includes%20all%20the%20selection.%22%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22You%20can%20also%20select%20rows%20in%20the%20DataFrame%20to%20highlight%20the%20corresponding%20atoms%20in%20the%20structure%20view%20above.%22%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dataframe%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%20dataframe%2C%20df%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(dataframe%2C%20mo%2C%20sel_subset%2C%20view_atoms)%3A%0A%20%20%20%20df_filtered%20%3D%20dataframe.value%0A%20%20%20%20filtered_indices%20%3D%20df_filtered%5B'original_index'%5D%0A%20%20%20%20filtered_labels%20%3D%20df_filtered%5B'labels'%5D%0A%0A%0A%20%20%20%20mo.accordion(%7B%22Click%20here%20to%20view%20the%20filtered%20subset%20of%20atoms%22%3A%20view_atoms(sel_subset%5Bfiltered_indices%5D)%7D%2C%20lazy%3DFalse)%0A%20%20%20%20return%20filtered_indices%2C%20filtered_labels%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20broadening_slider%2C%0A%20%20%20%20create_nmr_spectrum%2C%0A%20%20%20%20df%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20plot_nmr_spectrum%2C%0A%20%20%20%20points_slider%2C%0A%20%20%20%20reference_shielding_ui%2C%0A%20%20%20%20show_labels_toggle%2C%0A%20%20%20%20species_picker%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Create%20spectrum%20with%20current%20parameters%0A%20%20%20%20spectrum_data%20%3D%20create_nmr_spectrum(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'MS_shielding'%2C%20%20%23%20Replace%20with%20your%20actual%20column%20name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20broadening%3Dbroadening_slider.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20points%3Dpoints_slider.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20species%3Dspecies_picker.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20reference_shielding%3Dreference_shielding_ui.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20labels_column%3D'magresview_labels'%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20chart%20%3D%20plot_nmr_spectrum(spectrum_data%2C%20show_labels%3Dshow_labels_toggle.value)%0A%0A%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%23%23%23%20Simulated%20NMR%20Spectrum%22%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bspecies_picker%2C%20reference_shielding_ui%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bbroadening_slider%2C%20points_slider%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_labels_toggle%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20chart%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20General%20NMR%20tensor%0A%0A%20%20%20%20Soprano%20provides%20a%20general%20%60NMRTensor%60%20class%20that%20can%20be%20used%20in%20isolation%2C%20but%20also%20some%20convenience%20methods%20for%20dealing%20with%20NMR%20tensors%20from%20e.g.%20a%20%60.magres%60%20file.%20First%20let's%20look%20at%20the%20general%20case%3A%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20np)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Create%20a%203x3%20grid%20of%20number%20inputs%0A%20%20%20%20default_tensor_data%20%3D%20np.array(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B30.29817962%2C%20%201.20510693%2C%20%203.67274493%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B1.96313295%2C%2027.57652505%2C%20%202.57545224%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B4.21834132%2C%20%202.16271308%2C%2030.90315252%5D%0A%20%20%20%20%5D)%0A%0A%20%20%20%20def%20create_tensor_grid()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20inputs%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%20in%20range(3)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20j%20in%20range(3)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20inputs%5Bf%22%7Bi%7D%7Bj%7D%22%5D%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%3Ddefault_tensor_data%5Bi%2C%20j%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3Df%22%5B%7Bi%7D%2C%7Bj%7D%5D%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20inputs%0A%20%20%20%20tensor_inputs%20%3D%20create_tensor_grid()%0A%0A%20%20%20%20%23%20The%20grid%20approach%20doesn't%20work%20so%20manually%20create%20the%20elements%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_00%20%3D%20tensor_inputs%5B%2200%22%5D%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_01%20%3D%20tensor_inputs%5B%2201%22%5D%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_02%20%3D%20tensor_inputs%5B%2202%22%5D%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_10%20%3D%20tensor_inputs%5B%2210%22%5D%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_11%20%3D%20tensor_inputs%5B%2211%22%5D%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_12%20%3D%20tensor_inputs%5B%2212%22%5D%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_20%20%3D%20tensor_inputs%5B%2220%22%5D%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_21%20%3D%20tensor_inputs%5B%2221%22%5D%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_22%20%3D%20tensor_inputs%5B%2222%22%5D%0A%0A%0A%20%20%20%20%23%20Display%20as%20a%20grid%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%23%20Enter%203x3%20Tensor%20Values%3A%0A%20%20%20%20%7C%20%20%20%20%20%20%20%7C%20%20%20%20%20%20%20%7C%20%20%20%20%20%20%20%7C%0A%20%20%20%20%7C-------%7C-------%7C-------%7C%0A%20%20%20%20%7C%20%7Btensor_input_ui_00%7D%20%7C%20%7Btensor_input_ui_01%7D%20%7C%20%7Btensor_input_ui_02%7D%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20%7Btensor_input_ui_10%7D%20%7C%20%7Btensor_input_ui_11%7D%20%7C%20%7Btensor_input_ui_12%7D%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20%7Btensor_input_ui_20%7D%20%7C%20%7Btensor_input_ui_21%7D%20%7C%20%7Btensor_input_ui_22%7D%20%7C%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tensor_input_ui_00%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tensor_input_ui_01%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tensor_input_ui_02%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tensor_input_ui_10%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tensor_input_ui_11%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tensor_input_ui_12%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tensor_input_ui_20%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tensor_input_ui_21%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tensor_input_ui_22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_00%2C%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_01%2C%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_02%2C%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_10%2C%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_11%2C%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_12%2C%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_20%2C%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_21%2C%0A%20%20%20%20tensor_input_ui_22%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Convert%20to%20numpy%20array%0A%20%20%20%20tensor%20%3D%20np.array(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5Btensor_input_ui_00.value%2C%20tensor_input_ui_01.value%2C%20tensor_input_ui_02.value%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5Btensor_input_ui_10.value%2C%20tensor_input_ui_11.value%2C%20tensor_input_ui_12.value%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5Btensor_input_ui_20.value%2C%20tensor_input_ui_21.value%2C%20tensor_input_ui_22.value%5D%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%20(tensor%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(NMRTensor%2C%20mo%2C%20tensor)%3A%0A%0A%20%20%20%20t%20%3D%20NMRTensor(tensor)%0A%20%20%20%20%23%20Now%20t%20is%20an%20NMRTensor%20object.%20We%20can%20extract%20a%20variety%20of%20properties%20of%20this%20tensor%20%0A%20%20%20%20%23%20and%20perform%20updates%20to%20e.g.%20the%20tensor%20ordering%0A%0A%20%20%20%20%23%20These%20are%20the%20ordering%20conventions%20available%20in%20Soprano%3A%0A%20%20%20%20orders%20%3D%20%5B'Increasing'%2C%20'Decreasing'%2C%20'NQR'%2C'Haeberlen'%5D%0A%20%20%20%20convention_order_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(options%3Dorders%2C%20label%3D'Select%20tensor%20ordering%20convention%3A'%2C%20value%3D'Haeberlen')%0A%20%20%20%20return%20convention_order_ui%2C%20t%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20convention_order_ui%2C%0A%20%20%20%20euler_angle_convention_ui%2C%0A%20%20%20%20euler_convention%2C%0A%20%20%20%20euler_passive%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20t%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20t.order%20%3D%20convention_order_ui.value.lower()%5B0%5D%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bconvention_order_ui%2C%20euler_angle_convention_ui%5D%2C%20justify%3D'start')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%23%23%23%20Tensor%20properties%22%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22The%20tensor%20eigenvalues%20are%3A%20%5Cn%0A%20%20%20%20%7Bt.eigenvalues%5B0%5D%3A.2f%7D%2C%20%7Bt.eigenvalues%5B1%5D%3A.2f%7D%2C%20%7Bt.eigenvalues%5B2%5D%3A.2f%7D%22%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22The%20Euler%20angles%20(in%20degrees)%20according%20to%20the%20chosen%20convention%20are%3A%20%5Cn%0A%20%20%20%20%CE%B1%3D%7Bt.euler_angles(convention%3Deuler_convention%2C%20passive%3Deuler_passive)%5B0%5D*180%2Fnp.pi%3A.1f%7D%2C%20%CE%B2%3D%7Bt.euler_angles(convention%3Deuler_convention%2C%20passive%3Deuler_passive)%5B1%5D*180%2Fnp.pi%3A.1f%7D%2C%20%CE%B3%3D%7Bt.euler_angles(convention%3Deuler_convention%2C%20passive%3Deuler_passive)%5B2%5D*180%2Fnp.pi%3A.1f%7D%22%22%22)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(EFGTensor%2C%20MSTensor%2C%20sel_subset)%3A%0A%20%20%20%20%23%20get%20a%20list%20of%20NMRTensor%20objects%20with%20Haeberlen%20ordering%3A%0A%20%20%20%20ms_tensors%20%3D%20MSTensor.get(sel_subset)%0A%20%20%20%20efg_tensors%20%3D%20EFGTensor.get(sel_subset)%0A%20%20%20%20return%20efg_tensors%2C%20ms_tensors%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20get_available_species%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20available_species%20%3D%20get_available_species(df)%0A%20%20%20%20broadening_slider%20%3D%20mo.ui.slider(0.05%2C%202.5%2C%20value%3D0.5%2C%20step%3D0.05%2C%20label%3D%22Broadening%20(ppm)%22%2C%20include_input%3DTrue)%0A%20%20%20%20points_slider%20%3D%20mo.ui.number(start%3D512%2C%20stop%3D8192%2C%20value%3D2048%2C%20label%3D%22Resolution%20(number%20of%20bins)%22)%0A%20%20%20%20species_picker%20%3D%20mo.ui.dropdown(options%3Davailable_species%2C%20label%3D'Select%20species%20to%20plot'%2C%20value%3Davailable_species%5B0%5D%20if%20available_species%20else%20None)%0A%20%20%20%20reference_shielding_ui%20%3D%20mo.ui.number(value%3D0.0%2C%20step%3D0.1%2C%20label%3D'Reference%20shielding%20(ppm)')%0A%20%20%20%20show_labels_toggle%20%3D%20mo.ui.checkbox(label%3D'Show%20peak%20labels'%2C%20value%3DTrue)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20broadening_slider%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20points_slider%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20reference_shielding_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_labels_toggle%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20species_picker%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Equivalent%20Euler%20angles%0A%0A%20%20%20%20In%20the%20general%20case%2C%20the%20Euler%20angles%20that%20describe%20the%20rotation%20from%20one%20NMR%20tensor%20to%20another%20are%20not%20unique.%20In%20fact%2C%20for%20a%20given%20choice%20of%20conventions%2C%20there%20can%20be%20up%20to%2016%20equivalent%20Euler%20angle%20sets%20all%20correctly%20describing%20the%20same%20rotation.%0A%0A%20%20%20%20For%20example%2C%20we%20can%20look%20at%20the%20relative%20Euler%20angles%20between%20two%20MS%20tensors%20from%20our%20filtered%20selection%20of%20atoms.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(filtered_indices%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20euler_angle_convention_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(options%3D%7B'ZYZ%20(active)'%3A%20('zyz'%2C%20False)%2C%20'ZYZ%20(passive)'%3A%20('zyz'%2C%20True)%2C%20'ZXZ%20(active)'%3A%20('zxz'%2C%20False)%2C%20'ZXZ%20(passive)'%3A%20('zxz'%2C%20True)%7D%2C%20label%3D'Euler%20angle%20convention%3A'%2C%20value%3D'ZYZ%20(active)')%0A%20%20%20%20if%20len(filtered_indices)%20%3E%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20euler_selection_start_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(options%3Dfiltered_indices%2C%20label%3D'MS%20tensor%20from%3A'%2C%20value%3Dfiltered_indices.tolist()%5B0%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20euler_selection_end_ui%20%3D%20mo.ui.dropdown(options%3Dfiltered_indices%2C%20label%3D'MS%20tensor%20to%3A'%2C%20value%3Dfiltered_indices.tolist()%5B1%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Beuler_selection_start_ui%2C%20euler_selection_end_ui%5D%2C%20justify%3D'start')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20euler_angle_convention_ui%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D))%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20euler_angle_convention_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20euler_selection_end_ui%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20euler_selection_start_ui%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20euler_angle_convention_ui%2C%0A%20%20%20%20euler_columns%2C%0A%20%20%20%20euler_selection_end_ui%2C%0A%20%20%20%20euler_selection_start_ui%2C%0A%20%20%20%20filtered_indices%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20ms_tensors%2C%0A%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20pd%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20euler_convention%2C%20euler_passive%20%3D%20euler_angle_convention_ui.value%0A%20%20%20%20if%20len(filtered_indices)%20%3E%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20euler_selection_start_index%20%3D%20euler_selection_start_ui.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20euler_selection_end_index%20%3D%20euler_selection_end_ui.value%0A%20%20%20%20%20%20%20%20equivalent_eulers_0_to_1%20%3D%20ms_tensors%5Beuler_selection_start_index%5D.equivalent_euler_to(ms_tensors%5Beuler_selection_end_index%5D%2C%20euler_convention%2C%20passive%3Deuler_passive)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20equivalent_eulers_0_to_1_vis%20%3D%20np.round(equivalent_eulers_0_to_1%20*%20180%20%2F%20np.pi%2C%203)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df_equivalent_eulers%20%3D%20pd.DataFrame(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%CE%B1%20(deg)'%3A%20equivalent_eulers_0_to_1_vis%5B%3A%2C0%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%CE%B2%20(deg)'%3A%20equivalent_eulers_0_to_1_vis%5B%3A%2C1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%CE%B3%20(deg)'%3A%20equivalent_eulers_0_to_1_vis%5B%3A%2C2%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.output.append(mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22The%20equivalent%20Euler%20angles%20(in%20degrees)%20to%20rotate%20from%20the%20MS%20tensor%20of%20site%20%7Beuler_selection_start_index%7D%20to%20the%20MS%20tensor%20of%20site%20%7Beuler_selection_end_index%7D%20according%20to%20the%20chosen%20convention.%22%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.table(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20df_equivalent_eulers%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20page_size%3D16%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20selection%3DNone%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20format_mapping%3D%7Bcol%3A%20%22%7B%3A.1f%7D%22.format%20for%20col%20in%20euler_columns%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20text_justify_columns%3D%7Bcol%3A%20'right'%20for%20col%20in%20euler_columns%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20show_column_summaries%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D))%0A%20%20%20%20return%20euler_convention%2C%20euler_passive%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(efg_tensors%2C%20filtered_indices%2C%20filtered_labels%2C%20mo%2C%20ms_tensors%2C%20np%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20ms_to_efg_eulers%20%3D%20%5Bms.euler_to(efg)%20for%20ms%2C%20efg%20in%20zip(ms_tensors%2C%20efg_tensors)%5D%0A%20%20%20%20%23%20convert%20to%20numpy%20array%20and%20to%20degrees%0A%20%20%20%20ms_to_efg_eulers%20%3D%20np.degrees(ms_to_efg_eulers)%5Bfiltered_indices%5D%0A%20%20%20%20%23%20Display%20as%20dataframe%0A%20%20%20%20euler_columns%20%3D%20%5B'%CE%B1%20(deg)'%2C%20'%CE%B2%20(deg)'%2C%20'%CE%B3%20(deg)'%5D%0A%20%20%20%20df_ms_to_efg_eulers%20%3D%20pd.DataFrame(ms_to_efg_eulers%2C%20columns%3Deuler_columns%2C%20index%3Dfiltered_labels)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%23%23%23%20Relative%20Euler%20angles%20between%20MS%20and%20EFG%20tensors%22%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22The%20table%20below%20shows%20the%20Euler%20angles%20(in%20degrees)%20to%20rotate%20from%20the%20MS%20tensor%20to%20the%20EFG%20tensor%20for%20each%20of%20the%20selected%20atoms.%22%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.table(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20df_ms_to_efg_eulers%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20page_size%3D50%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20selection%3DNone%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20format_mapping%3D%7Bcol%3A%20%22%7B%3A.1f%7D%22.format%20for%20col%20in%20euler_columns%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20text_justify_columns%3D%7Bcol%3A%20'right'%20for%20col%20in%20euler_columns%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20show_column_summaries%3DTrue%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%20(euler_columns%2C)%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A